简介：摘要菌株资源化工程属微生物领域的基础建设，西方发达国家在19世纪末率先建立了经典的微生物资源化方法，不断完善的保藏体系、物种注释技术以及全球共享机制，实现了生物资源的扩充和储备。丰富的模式菌株、标准菌株及生产菌株保持了科学研究、生物经济（如抗菌药物、疫苗、检测试剂研发及标准制定等）及国家安全上的优势。但我国对其战略性认识不足，从顶层设计到资金投入远落后于发达国家，这与我国经济社会发展水平不相称。本文借鉴世界微生物菌种保藏联合会和世界生物数据中心（隶属WFCC）的做法，以临床新种/株收集为目的，对分离株鉴定、保存及上传体系建设提出建议。

简介：摘要目的研究并评估适合临床实验室开展的食源性腹泻弯曲菌检测方法及抗菌药物敏感性试验。方法分为预实验和大样本验证。（1）预实验：收集2017年9月至2018年1月就诊于北京地区某三甲医院食源性腹泻患者粪便标本400份。采用双孔滤膜培养法及改良头孢哌酮-木炭-脱氧胆酸盐（CCD）琼脂培养法在微需氧环境中培养48 h，挑选可疑菌落进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）鉴定，同时进行实时荧光定量聚合酶链反应（qPCR）检测空肠弯曲菌及结肠弯曲菌。（2）大样本验证：收集2018年4月至2019年3月就诊于北京不同地区不同级别3家医院肠道门诊食源性腹泻患者粪便标本2 062份，进行qPCR检测及培养。阳性菌株按照美国临床与实验室标准化协会及美国国家肠道细菌耐药监测中心推荐的纸片扩散法及琼脂稀释法进行药物敏感性试验并进行结果判读。采用卡方检验比较3种检测方法的检测结果及2种抗菌药物敏感性试验的一致性。结果预实验中qPCR、双孔滤膜培养法及改良CCD琼脂培养法检测弯曲菌（空肠弯曲菌/结肠弯曲菌）的检出率分别是9.0%（36/400）、5.0%（20/400）和3.5%（14/400），差异有统计学意义（χ²=11.772，P<0.01）且qPCR阴性，培养法均为阴性。大样本验证中，qPCR的检出率为8.1%（168/2 062），其中空肠弯曲菌7.0%（144/2 062），结肠弯曲菌1.2%（24/2 062）。qPCR阳性标本进行双孔滤膜培养法培养，阳性率为61.9%（104/168），其中空肠弯曲菌为58.3%（84/144），结肠弯曲菌为83.3%（20/24），与预实验检出率差异无统计学意义（P>0.1）。空肠弯曲菌和结肠弯曲菌对环丙沙星耐药率分别为94.0%（94/100）和100.0%（24/24），对红霉素耐药率分别为6.0%（6/100）和33.3%（8/24），两种抗菌药物敏感性试验方法一致性较好（Kappa值>0.75）。结论qPCR快速、灵敏、操作简单，适合临床实验室常规开展。双孔滤膜培养法检出率显著高于改良CCD琼脂培养法，弯曲菌对喹诺酮类药物显示出极高的耐药率，已不适用于北京地区弯曲菌食源性腹泻的治疗，应选择大环内酯类抗菌药物。

简介：摘要目的研究2016与2019年成人致泻性大肠埃希菌（DEC）食源性腹泻临床特征与耐药性，了解北京市强化食品卫生安全措施前后DEC流行病学变迁。方法分别收集2016和2019年就诊于北京同仁医院肠道门诊食源性成人腹泻患者1 926例和1 482例，共计3 408例。患者信息录入“肠道预警系统”，便标本分离培养，菌落行基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）鉴定。大肠埃希菌采用多重荧光定量PCR对5种致病型进行分型。药物敏感性试验根据2019美国临床与实验室标准化协会标准判读。分类资料采用χ²检验或者Fisher精确检验进行统计分析。结果3 408份标本共检出DEC 581株，肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）占53.36%（310/581），未检出肠出血性大肠埃希菌（EHEC）。2016年DEC检出率为14.54%（280/1 926），肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）占DEC检出率的18.21%（51/280），ETEC占71.79%（173/280）。2019年DEC检出率为20.31%（301/1 482），EAEC占DEC检出率的41.23%（116/301），ETEC占48.93%（137/301）。与2016年比较，2019年EAEC检出率增高（χ²=29.26，P<0.001），其次为肠致病性大肠埃希菌（χ²=9.37，P=0.002），而ETEC检出率下降（χ²=15.43，P<0.001）。与其他致病型相比，EAEC易引起恶心（χ²=32.72，P<0.001），感染肠侵袭性大肠埃希菌（EIEC）的患者便标本易观察到红细胞（χ²=16.44，P=0.001）和白细胞（χ²=26.82，P<0.001）。EIEC对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦及庆大霉素耐药率分别为80.95%（17/21）、66.67%（14/21）和57.14%（12/21）。2019年出现3株耐碳青霉烯类抗菌药物的EAEC，其中2株厄他培南及亚胺培南均耐药，1株仅厄他培南耐药。全基因测序显示存在多种耐药机制，以耐药结节性细胞分化家族外排泵、青霉素结合位点突变及产新德里金属β内酰胺酶5（NDM-5）为主。结论成人食源性腹泻患者DEC检出率高，以ETEC为主。与2016年相比，2019年ETEC下降，EAEC检出率显著升高，并于2019年分离到耐碳青霉烯类抗菌药物的致泻性大肠埃希菌菌株，其生物学特征及流行病学变迁应引起临床重视。

简介：摘要目的通过大样本流感样病例检测，明确抗原检测与核酸检测两种方法联合应用原则，从而快速明确流感诊断，控制流感暴发，减少资源浪费。方法采集2019年1月至2020年1月北京同仁医院发热门诊的4 622份流感样病例咽拭子标本，其中流感季3 230份，非流感季1 392份，采用快速抗原法和实时荧光逆转录聚合酶链反应（qPCR）两种方法对其进行流感病毒检测。不一致结果采用第二种核酸检测试剂进行比对。比较快速抗原法对于不同年龄敏感度与特异度的差异，以及不同亚型、不同病毒载量的检出差异。结果甲型流感病毒快速抗原法的敏感度为33.7%（577/1 710），特异度为93.5%（2 723/2 912），与qPCR的一致率为71.4%（3 300/4 622）。在流感季，甲型流感病毒快速抗原法阳性预测值及阴性预测值分别为84.1%（570/678）和57.4%（1 464/2 552）。在非流感季，其阳性预测值及阴性预测分别为8.0%（7/88）和96.5%（1 259/1 304）。甲型流感病毒快速抗原法与乙型流感病毒存在交叉反应，为2.3% （18/766）。儿童的敏感度比成人高［56.7%（164/289）比29.1%（413/1 421）］。快速抗原法对于不同流感亚型（H1N1和H3N2）的检出率差异无统计学意义（χ2=0.131，P=0.718），其敏感度随循环阈值（Ct值）增大而降低。结论甲型流感病毒快速抗原法阳性结果可确诊。在流感季，甲型流感病毒抗原阴性应进行核酸检测，而非流感季阴性结果可排除感染。快速抗原法对儿童的敏感度比成人高，敏感度与Ct值呈负相关。

简介：摘要目的探讨兔角膜表层切削术后早期应用碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)对角膜上皮下雾状混浊(haze)的作用及其机制。方法选取60只健康普通级新西兰大白兔，均行右眼准分子激光角膜切削术(PRK)，术后采用随机数字表法将实验眼分为PRK＋生理盐水组、PRK＋bFGF组和单纯PRK组，每组20眼，术后分别给予生理盐水和bFGF点眼，每日3次，每次1滴，单纯PRK组未行任何处理，药物连续应用至动物处死，另取8只兔为空白对照组。各手术组分别于术后7 d和28 d各取10只兔，空白对照组取4只兔，通过眼前节照相、眼前节光相干断层扫描成像(AS-OCT)记录角膜上皮愈合及haze情况，并行Fantes分级；采用苏木素-伊红染色法观察兔角膜组织病理学变化；采用免疫组织化学法检测兔角膜组织中转化生长因子-β1(TGF-β1)、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、基质金属蛋白酶-2(MMP-2)的表达。结果各手术组角膜上皮愈合时间比较差异无统计学意义(F＝0.57，P＝0.57)。各组兔眼术后不同时间点haze分级总体比较差异均有统计学意义(F组别＝41.736，P<0.01；F时间＝129.445，P<0.01)；术后28 d，PRK＋bFGF组haze分级明显高于PRK＋生理盐水组和单纯PRK组，差异均有统计学意义(均P<0.05)。AS-OCT显示，空白对照组角膜上皮表面反射条带连续、光滑，上皮细胞与基质层排列紧密；术后7 d各组角膜上皮表面反射条带连续、光滑，与浅基质层连接欠紧密，浅基质层反射增强，组织病理学检查发现术区角膜上皮细胞和基质层细胞增生，基质层胶原纤维排列紊乱，其中以PRK＋bFGF组最明显；术后28 d，上述表现明显增强。免疫组织化学染色结果显示，空白对照组角膜组织中仅见少量MMP-2表达；术后7 d各手术组角膜组织中TGF-β1、α-SMA、MMP-2均呈阳性表达，PRK＋bFGF组角膜组织中阳性染色最强；术后28 d，TGF-β1、α-SMA和MMP-2的表达较术后7 d明显增加，差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论表层切削术后早期应用bFGF可促进haze形成，其主要机制与bFGF促进角膜上皮细胞增生，影响浅基质层胶原排列，导致haze相关因子TGF-β1、α-SMA和MMP-2表达增加有关。