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  • 简介:实时荧光定量PCR技术自问世以来,因其具有高度的特异性和灵敏性、可定量、污染少等特点而得到了广泛的应用,此技术用于曲霉的研究也有近十年的历史。本文对近年来实时荧光定量PCR技术在曲霉病诊断中的应用情况进行综述。

  • 标签: 实时荧光定量PCR 曲霉病 IA
  • 简介:葡萄砧木具有抗葡萄根瘤蚜和线虫等土传虫害、抗寒、抗旱、耐盐碱等优良特性,可调控葡萄生长和品质,利用葡萄抗逆砧木进行嫁接栽培已成为葡萄产业发展的必然趋势。因此,开展葡萄砧木改良研究具有十分重要的意义。随着生物技术的发展,DNA分子标记技术已广泛应用于葡萄砧木改良研究,本文对近10年分子标记技术在葡萄砧木品种鉴定、系谱分析、遗传图谱构建等方面的研究应用进行了综述,并指明未来葡萄砧木的研究方向。

  • 标签: 葡萄砧木 DNA分子标记 品种鉴定 系谱分析 遗传图谱
  • 简介:皮肤黏膜微生态是指寄居在人体体表和与外界相通腔道的微生物群落与人体相互依存相互影响,形成在皮肤黏膜结构功能中发挥重要作用的微生态环境。微生态可对人体的疾病、健康产生不可忽视的影响,因此围绕该领域的研究不容忽视。以往的微生态研究通常基于传统的培养方法,存在诸多无法克服的缺陷和不足。随着PCR技术在生命科学研究中的广泛应用,PCR相关的各种分子技术以其各自的特点在不同的研究领域发挥着重要作用。

  • 标签: 皮肤黏膜 微生态 PCR相关技术
  • 简介:目的评价基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-AssistedLaserDesorptionIonization-TimeOfFlightMassSpectrometry,MALDI-TOF-MS)技术对酵母样真菌鉴定的临床应用价值。方法将2015年6月-2016年6月临床检出的142株酵母样真菌标本同时采用MALDI-TOF-MS技术和传统真菌培养方法进行鉴定,记录结果并对结果进行对比分析。结果两种方法对于常见的白念珠菌、热带念珠菌、克柔念珠菌和新生隐球菌的鉴定率很高(100%),符合率较高(100%);对于少见的葡萄牙念珠菌、解脂念珠菌、产朊念珠菌,两种方法的符合率较低,分别为25.00%、00.00%、00.00%。结论MALDI-TOF-MS技术对酵母样真菌的鉴定率较高,操作简便快速,是传统真菌培养鉴定的有力补充,可将其推广应用于酵母样真菌的早期快速鉴定。

  • 标签: 基质辅助激光解析电离飞行时间 酵母样真菌 鉴定
  • 简介:生长素应答因子(ARF,auxinresponsefactors)是一类可以结合在生长素应答基因启动子部位的转录因子,在植物的生长发育中起至关重要的作用。本研究以谷子为材料,共鉴定出24个ARF基因,命名为SiARFs。利用生物信息学对谷子SiARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析。结果表明,SiARF基因家族在染色体上呈不均匀分布,除2号染色体外,其他染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。SiARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域,ARF蛋白的3D结构含有3个α螺旋和7个β折叠结构。进化树分析表明谷子ARF蛋白和物种相近的高粱、玉米聚在一起。大多数ARF基因在谷子根、茎、叶和穗中都有表达,且不同基因表达量有较大差异。

  • 标签: 谷子 ARF 生物信息学分析 蛋白结构
  • 简介:目的应用反向线点杂交技术(reverselineblothybridization,RLB)快速鉴定临床常见的曲霉属和毛霉目真菌。方法收集我院真菌和真菌病研究中心保存的5种曲霉菌(烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉、构巢曲霉)和7种毛霉目真菌(冻土毛霉菌、总状毛霉菌、卷枝毛霉菌、少根根霉、小孢根霉、微小根毛霉、伞状犁头霉),共计98株菌株。利用真菌通用引物ITS1和ITS4对菌株进行PCR扩增,用12个真菌种特异性探针与扩增后产物进行反向线点杂交。将RLB结果与真菌传统形态学鉴定结果、ITS区DNA测序结果进行比较。结果RLB可以正确鉴定98株实验菌株,与形态学方法和ITS区测序方法鉴定结果100%一致,种特异性探针之间未见交叉杂交,显示出该方法的高度敏感性和特异性。8株阴性对照菌株(白念珠菌、茄病镰刀菌、尖端赛多孢、马尔尼菲青霉、疣状瓶霉、棒曲霉、日本曲霉以及雅致小克银汉霉),使用RLB方法无法鉴定。通过烟曲霉基因组DNA浓度10倍倍比稀释法验证RLB的敏感性为1.8×10-3ng/μL。结论RLB技术为实验室早期快速诊断、鉴定临床常见的曲霉属和毛霉目真菌提供参考。

  • 标签: 曲霉 毛霉 PCR 反向线点杂交
  • 简介:基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术是一种可用于检测大分子物质的“软电离”质谱分析技术,近年来在致病性真菌研究中的作用日显突出,该文对近几年该技术在病原真菌研究中的应用进展作一综述。

  • 标签: 基质辅助激光解析电离 质谱 真菌
  • 简介:目的克隆、测序近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列并进行生物信息学分析。方法运用生物信息学的方法,通过与白念珠菌ERG11基因碱基序列同源性比对,在近平滑念珠菌基因组(www.sanger.ac.uk/sequencing/Candida/parapsilosis/)中寻找可能的ERG11基因序列(CpERG11),并据此序列设计引物,经PCR扩增近平滑念珠菌标准株(ATCC22019)的ERG11基因片段,产物经电泳、纯化、克隆到质粒prG-AMAI-NotI中,转染DH10B大肠杆菌细胞,并酶切鉴定筛选阳性克隆测序分析。结果近平滑念珠菌ERG11编码区由1569个碱基组成,编码一段含522个氨基酸的多肽。近平滑念珠菌ERG11的编码区序列与白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、酿酒酵母菌ERG11基因的同源性分别为74%、75%、65%、64%。该近平滑念珠菌ERG11的编码区为唑类药物作用靶酶基因。结论成功克隆、测序、并生物信息学分析近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列,为进一步的功能研究奠定基础。

  • 标签: 近平滑念珠菌 ERG11基因 克隆测序
  • 简介:对用固相扣除杂交方法从低温驯化沙冬青克隆得到的AmLEA5基因进行表达模式分析和生物信息学分析,表明该基因编码一种第5族胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA),全长693bp,含有1个297bp的开放阅读框,编码98个氨基酸,预测Am-LEA5的分子量为10.6kDa,是一种亲水性蛋白,有多个磷酸化位点。密码子偏好性分析表明该基因略偏好于用A或T结尾的密码子。系统发生分析表明,AmLEA5蛋白与蒺藜苜蓿LEA(ACJ84182.1)亲缘关系最近。qRT-PCR结果显示AmLEA5的表达量在低温、干旱、盐和热胁迫条件下均有上调,尤其在低温胁迫后期富集量最高。亚细胞定位表明,用YFP标记的AmLEA5位于细胞质和细胞核内。一系列试验结果表明AmLEA5基因在沙冬青抵御非生物胁迫,尤其是在抵御低温胁迫机制中发挥重要作用。

  • 标签: 沙冬青 AmLEA5 生物信息学分析 表达模式 亚细胞定位
  • 简介:Fibrillin11(FBN11)是植物质体中FBN蛋白家族的重要成员之一,比其他成员多300~500个氨基酸残基,说明其可能存在某些特异性结构和功能。本研究在水稻幼苗中扩增获得到了一个受非生物逆境胁迫诱导的OsFBN11基因的全长cDNA,该基因含有12个内含子和13个外显子。其编码蛋白的分子量为72.36kD,pI值为9.26。生物信息学分析结果表明,该蛋白含有无规则卷曲、α螺旋和β-折叠3种氨基酸二级结构,不含有跨膜结构域,蛋白亲水性强,PSORT软件预测该蛋白可能定位于叶绿体中。进一步对14种植物FBN11蛋白的同源性和5个物种该蛋白的保守结构域分析,发现该蛋白兼有典型的PAP-Fibrillin结构域和蛋白激酶PKc结构域。水稻全生育期芯片分析显示该基因主要在愈伤组织、叶片和根系中高水平表达。RT-PCR检测结果显示,该基因在水稻幼苗中受ABA、NaCl和干旱胁迫处理上调表达。上述结果表明,OsFBN11可能在水稻质体发育和抗非生物胁迫反应中发挥重要作用。

  • 标签: 水稻 Fibrillin基因家族 水稻FBN11基因 生物信息学分析 逆转录-聚合酶链式反应
  • 简介:目前真菌感染,特别是免疫缺陷患者中侵入性真菌感染的发病率和死亡率在不断增加,但现有抗真菌药物可选择范围小、毒副作用大而且耐药情况日渐严重。联合用药这一概念的提出,给耐药株及严重性真菌感染提供了新的治疗途径,并且已在临床中广泛运用。该文对不同种类抗真菌药物联用的研究成果及作用机制做一综述。

  • 标签: 抗真菌药物 联合用药 协同作用
  • 简介:在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLOunigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157-0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5-9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15-50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过qRT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。

  • 标签: 长尖叶蔷薇 大花香水月季 MLO基因 抗白粉病 生物信息学 QRT-PCR
  • 简介:NAC转录因子是高等植物所特有的具有多种生物功能的转录因子,在植物生长发育、抵抗逆境和激素调节等过程中发挥着重要作用。本研究利用RACE-PCR技术,克隆获得了紫花苜蓿NAC转录因子MsNAC1(GenBank登录号为JN099384.1)基因的cDNA序列。生物信息学分析显示,MsNAC1基因的开放阅读框(ORF)为993bp,编码一个由330个氨基酸残基组成的亲水性蛋白,N-端具有保守的NAM结构域,C-端高度变异,具备NAC转录因子的基本特征;MsNAC1蛋白被定位在细胞核中,含有2条核定位信号序列,具有9个糖基化位点和23个磷酸化位点,三级结构为对称的同型二聚体。多重比对发现,MsNAC1蛋白与拟南芥ATAF1和水稻OsNAC6蛋白的同源性较高;系统进化分析表明,MsNAC1蛋白属于NAC转录因子家族中的ATAF亚族,与ATAF1的亲缘关系最近。非生物逆境胁迫下的表达分析显示,MsNAC1基因在高盐、干旱和低温胁迫下表达量均呈现先上调后下调的趋势,不同处理时间的差异达到极显著水平,并且根中的表达量上调幅度高于叶片,说明该基因可能参与调控非生物逆境胁迫的生理响应。

  • 标签: 紫花苜蓿 NAC转录因子 基因克隆 生物信息学分析 荧光定量PCR 非生物逆境
  • 简介:应用RAPD方法对海南60份野生荔枝进行基因组多态性分析,20个随机引物共产生165条RAPD带,DNA片段大小在200~1500bp之间,其中121条为多态性带,占总带数的73.3%,并利用遗传距离进行聚类分析。结果表明,60份野生荔枝可归为6类,表明种群存在一定的遗传变异,也为分析野生荔枝群体间及群体内的遗传多样性探索了有效方法。

  • 标签: 野生荔枝 RAPD标记 聚类分析 种质资源
  • 简介:真菌的培养方法和细菌培养方法基本相同,但真菌除试管及平皿培养外,还有小培养(玻片培养)直接观察真菌形态结构。真菌对环境抵抗力强,因此所需营养与细菌有所不同,pH范围较大,真菌菌落较大,杂菌污染时易于发现,除少数菌种外一般培养并不困难。

  • 标签: 医学真菌 培养基 制备
  • 简介:SCoT是一种新型的目的基因分子标记,该标记不仅能获得与性状联系紧密的目的基因,而且能对性状进行跟踪,已被广泛应用于多种植物的研究。本文概述了SCoT标记的原理、引物设计方法及特点,并从PCR反应体系建立与优化、种质资源遗传多样性与亲缘关系分析、种质鉴定与指纹图谱构建、基因差异表达与分子遗传连锁图谱构建等方面总结了SCoT标记的应用进展。同时,对其存在的问题进行了讨论,并展望了该标记的发展应用前景。

  • 标签: SCoT 种质鉴定 遗传多样性 图谱构建 基因差异表达
  • 简介:烟草种质资源的繁种更新是烟草中期库保种的重要任务之一。为保持其在保存过程中的遗传完整性,从烟草的遗传特性出发,对繁育过程中可能产生的遗传漂变、遗传漂移以及混杂等诸多因素进行了讨论;较为系统地总结了烟草种质资源长期研究所形成的繁种更新理论与技术,并就进一步研究提出设想。

  • 标签: 烟草 种质资源 繁种更新 技术
  • 简介:细胞壁作为真菌中特殊和必须的细胞结构,相对于哺乳动物的细胞膜更加坚硬,难以用简单的方法使其充分破碎。因此,达到理想的破壁效果是白念珠菌研究中的关键步骤之一。在提取白念珠菌RNA、DNA和蛋白质等细胞组分的过程中,为获得足量和稳定的实验样品。该文对多种白念珠菌破壁方法作一综述,以便为白念珠菌相关研究提供适用、高效的破壁方案。

  • 标签: 白念珠菌 细胞壁 破碎