简介:目的对临床上分离自人(36株)及狐狸(5株)的须癣毛癣菌菌株进行新的分类系统鉴定,并检测传统的分类方法是否能满足临床鉴定需要。方法①观察原鉴定为须癣毛癣菌菌株在沙氏培养基、1%蛋白胨培养基、溴甲酚紫乳固体葡萄糖琼脂培养基(BCP-MSG)和显微镜下形态学及尿素酶、毛发穿孔等生理学试验表现。②通过ITS区段和LSU区段分子生物学序列分析进行新的分类系统的菌种分型,并对传统形态学和生理学鉴定方法进行检测。结果①41株须癣毛癣菌形态学及生理学试验符合须癣毛癣菌(38株)和红色毛癣菌(3株)菌落的特点。②ITS区段序列分析发现ITS区段能将须癣毛癣菌和红色毛癣菌准确的鉴定到种,但无法明确其种内分型;而LSU区段序列分析可对36株(36/38)须癣毛癣菌有性型做出明确的鉴定。结论传统实验室鉴定方法仍具有其有效性及可靠性。通过分子生物学鉴定,临床分离的须癣毛癣菌皆为指(趾)间毛癣菌(38/38),而LSU区段的序列分析鉴定狐狸源性菌株皆属于本海姆节皮菌,有别于大多数人源性菌株有性型为万博节皮菌,对于须癣毛癣菌的菌种鉴定更优于ITS区段,但分子生物学试验还需结合形态学的观察,才能够对菌种做出正确的鉴定。
简介:水稻脆性突变体是研究细胞壁组分结构形成机制的重要材料。通过离子柬诱变籼稻9311获得1个茎秆、叶片均脆的突变体,命名为bc9311--1。bc9311-1突变体与野生型9311相比,分蘖数减少,结实率显著降低,其他农艺性状无明显差异。叶片和茎秆的细胞壁成分分析表明,与野生型相比,bc9311-1突变体茎秆中的纤维素和木质素含量明显降低,半纤维素和SiO,含量显著增加;叶片中的纤维素含量降低,半纤维素和木质素含量增加,SiO2含量无明显差异。遗传分析表明,该脆性突变体脆性性状受单隐性基因控制。以bc9311-1突变体与02428杂交的F,群体为基因定位群体,利用SSR标记将bc9311-1突变位点定位在水稻第1染色体上,位于SSR分子标记的RM1095和RM3632之间,遗传距离分别为0.6cM和3.4cM,与其中的标记RM1183表现共分离。这些结果为进一步克隆突变基因,揭示脆性性状的分子机制奠定坚实基础。
简介:目的以分子生物学方法为“金标准”对两种商品化酵母样真菌鉴定产品RapidIDYeastPlus(简称RapIDYST)及API20CAUX(简称API20C)的鉴定效能进行评估.方法从2010年中国医院侵袭性真菌感染监测网菌株库中筛选酵母样真菌25种,共计194株.其中,包含临床最常见的5种酵母样真菌(白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、新生隐球菌)共130株,占研究总菌株数的67.0%.所有菌株已经过分子生物学方法准确鉴定至种水平.菌株复苏分纯后,严格按照产品操作指南,平行进行RapIDYST和API20C鉴定.结果所研究菌株中,有181株(18种)在RapIDYST鉴定菌种数据库中,所有在库菌株种及复合体鉴定正确率为87.8%(159/181).相比,API鉴定菌种库包含菌株174株(18种),在库菌株种及复合体鉴定正确率为92.0%(160/174).RapIDYST与API20C对于5种临床常见的酵母样真菌的种鉴定正确率分别为93.1%和97.1%.对于库外菌株,RapIDYST的鉴定错误率分别为23.1%(3/13),相比API20C的鉴定错误率为60.0%(12/20).综合此次评估结果,二者对酵母样真菌的鉴定效能无显著差异(McNemar检验,P>0.05).结论两种商品化产品对酵母样真菌的鉴定效能基本一致;相较而言,RapIDYST在操作便捷性、检测时间方面具有较大优势.
简介:干旱是影响玉米生产的主要因素之一,培育耐旱品种可以有效地保持其在干旱环境下的产量稳定性。随着生物信息学数据库的不断完善及基因组学技术的发展,耐旱通用QTL(Quantitativetraitlocus)的发掘为分子育种提供了新的机遇和方法。本研究在已发掘的耐旱通用QTL基础上,选取相关的18个连锁标记进行开发并且验证在不同种质背景下24份玉米自交系的耐旱性。结果表明,共检测出42个多态性位点,平均多态性信息量为0.4245;通过GGT32(GraphicalGenoTypes)图示基因型软件分析SSR位点,得出umc2217、umc2029、phi099、umc1213和phi022这5个连锁标记可用来初步鉴定玉米耐旱性;利用卡方检验,得出phi022和umc2217均达到显著水平,其与耐旱密切相关。因此,这几个连锁标记不仅可被用于相应群体的耐旱分子标记辅助选择,而且为以后的标记辅助选择及抗旱性基因克隆的研究打下基础。
简介:用21个分布在谷子9条染色体上的SSR标记,对120份来自于核心种质的谷子材料进行遗传多样性研究。21个标记共检查出305个等位变异,各标记检测出的等位变异数在3~26个之间,平均每个位点检测出的等位变异数为14.5个;21个位点的平均多态信息量(PIC)为0.809。基于21个SSR标记的分子鉴定,计算了120份材料间的遗传相似系数,其变化范围为0.8393~0.9672,平均值为0.8906。根据计算的遗传距离,对120份谷子材料进行UPGMA聚类,在遗传相似系数0.8865处这些材料被划分为4个类群,分类结果与这些谷子来源地生态类型总体上表现一致,分别为西北内陆类群、黄土高原内蒙古高原类群、华北平原类群以及华北平原近年育成种类群。
简介:目的应用转录组技术,对UVA照射后的白念珠菌菌丝及生物膜进行基因表达分析.方法体外构建白念珠菌(ATCC90028)生物膜,采用UVA-LED抗菌设备(复旦大学光电所制,波长365nm,强度13mW/cm2,频率100Hz),照射白念珠菌生物膜5min、10min、15min,对照组不光照.用转录组技术分析UVA实验组和对照组之间差异表达的基因,进行GO、KEGG遗传差异富集分析.结果UVA光照组相对于对照组有大量差异表达基因,核糖体合成RIO2基因、氨基糖和核苷糖代谢相关基因MCR1、CBR1、内质网蛋白加工途径相关基因SHP1显著上调;RNA降解途径相关基因MPP6和细胞内吞作用相关基因CHMP6显著下调.结论UVA直接或间接调节白念珠菌菌丝及生物膜相关生理代谢途径,参与诱发细胞凋亡过程.
简介:从144对SRAP引物中筛选出61对多态性强、重复性好的SRAP引物,对43份苦瓜种质DNA进行了扩增,共得到2078条谱带,其中多态性谱带863条,平均每对引物扩增得到14.15条多态性谱带,多态性位点百分率为42.11%。用UPM—GA方法进行聚类分析,供试苦瓜种质的遗传相似系数为0.50~0.95,在阈值O.65处(L1)可将苦瓜分为2个类群,第1类群为野生种,第Ⅱ类群为半栽培种和栽培种;在阈值0.80处(L2)将第Ⅱ类群分为5个亚类群,L2的划分反映了苦瓜种质间的遗传多样性与果实性状、来源或地理分布有较高相关性;在阈值0.83处,第Ⅱ类群1亚类群又分为4类,大致分为滑身苦瓜(粗棱无瘤)、大顶苦瓜(棱细大圆瘤、倒锥形)、棱细圆瘤苦瓜以及尖刺瘤或凸瘤苦瓜,分类结果与苦瓜的刺瘤有无、棱条粗细、瘤的形状和瓜色等密切相关,初步认为刺瘤苦瓜为较原始类型。
简介:采用RAMP分子标记技术对80份甘蔗种质(32份祖亲种、48份栽培品种或品系)的遗传基础进行了分析。从30对引物组合中筛选出4对多态性较强引物,构建了甘蔗80份种质的RAMP指纹图谱,这4对引物组合共扩增出84条带,其多态性为91.7%。80份种质的遗传相似系数变化范围在0.433~0.988,平均0.710。聚类分析表明,随着相似系数结合线的不同,可分别将参试的甘蔗种质从属间(甘蔗属与斑茅种)、野生种(割手密种、大茎野生种、印度种、中国种)与栽培种(热带种)间、栽培种与杂交栽培品种(或品系)间区别开来。各祖亲种与杂交栽培品种(或品系)的遗传相似性由大到小依次为热带种〉印度种和中国种〉大茎野生种〉云南割手密种〉其他割手密种〉斑茅。另外,本试验首次利用RAMP标记,获得了部分热带种、野生种及斑茅种特异片段,并发现这些特异片段能不同程度地在具有其血缘的栽培种中得到传递。
简介:利用30对多态性良好的SRAP引物对90份山药种质资源进行PCR扩增,构建扩增图谱,共扩增到722个位点,多态性位点581个,多态性比例为80.47%,每对引物组合检测多态性位点3~30个,每对引物能鉴别6~51份山药种质资源;采用DNA数据分析软件对扩增出的多态性位点进行分析,构建山药种质资源方框指纹图谱,该图谱清晰地反映出每对引物能扩增的多态位点数、鉴别资源份数及资源具体编号,资源在该引物组合下所能检测得到的多态位点数及所处的具体位置等信息;从10对SRAP引物组合中挑选出的21个多态性位点,根据谱带的有无转化成的1/0字符串编码,形成山药种质资源DNA数字指纹图谱,该图谱可鉴别区分90份山药种质资源中的82份资源。同时这些指纹图谱可为下一步的山药品种鉴定,种质资源评价、利用,分子标记辅助育种及品种权保护提供技术支撑。
简介:为了保护我国特有的优异萝卜资源,促进资源的有效区分和合理利用,保障我国萝卜产业发展,目前需积极开展萝卜种质资源的特异性鉴定和种质识别技术研究。本研究基于SSR分子标记、信息处理和图像处理技术,筛选出22对SSR引物对75份来源和特征不同的代表性萝卜种质进行鉴定,共扩增出153条带,其中多态性条带为87条,平均多态性位点百分率为55.49%,平均每对引物可扩增出6.95条带和3.95条多态性带,有效地显示出每份萝卜种质的特异性。基于最少引物鉴定最多种质的原则,利用MATLAB程序筛选出8对SSR引物,依据8对引物的扩增数据,经过多态性谱带的有序编码转换,构建出75份萝卜种质分子身份证。结果显示利用SSR标记构建萝卜种质分子身份证进行种质资源的鉴定和保护是可行的。