简介:摘要目的探讨N6-甲基腺苷(m6A)修饰与非小细胞肺癌(NSCLC)淋巴结转移的相关性。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载NSCLC患者的转录组测序数据,共包含1 037例原发肺癌组织样本和108例癌旁组织样本。分析参与m6A修饰过程的调控蛋白在肿瘤组织和癌旁正常组织样本中表达水平的差异,利用加权基因共表达分析(WGCNA)算法识别与m6A调控因子存在共表达关系的信使RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)并根据RNA的表达模式对NSCLC患者进行共识聚类。采用t检验比较聚类亚组间m6A甲基化丰度的差异,采用χ2检验比较组间淋巴结转移发生率的差异。结果共纳入20个m6A调控因子,肿瘤组织中15个调控因子的表达水平显著上调[甲基转移酶样蛋白3(METTL3)、YTH结构域蛋白1(YTHDC1)、YTH结构域结合蛋白1-3(YTHDF1-3)、异质核核糖蛋白A2B1(HNRNPA2B1)和HNRNPC、ALK B同源物5(ALKBH5)等],3个调控因子显著下调[M0ETTL14、含锌指CCCH结构域蛋白13(Zc3h13)、脂肪和肥胖相关蛋白(FTO)],差异有统计学意义(P<0.05),YTHDC2和METTL16差异无统计学意义。通过WGCNA算法识别出454个与调控因子存在共表达关系的mRNAs和400个ncRNAs[325个长链非编码RNAs(lncRNAs)、23个微小RNAs(miRNAs)、28个核仁小RNAs(snoRNAs)、24个核内小RNAs(snRNAs)]。根据854个RNAs的表达模式进行共识聚类,将NSCLC患者分为2个聚类亚组(聚类1和聚类2)。WT1相关蛋白WTAP(t=14.322,P<0.01)和HNRNPC(t=15.424,P<0.01)等11个调控因子的表达水平在聚类1中均显著上调,其他9个调节因子在聚类亚组间差异无统计学意义,聚类1患者具有较高的m6A甲基化丰度。聚类1患者淋巴结转移发生率38.16%(292/765)明显高于聚类2组的22.27%(55/247),差异有统计学意义(χ2=19.487,P<0.01)。结论通过m6A甲基化与非小细胞肺癌淋巴结转移的相关分析,有助于探讨肺癌淋巴结转移相关机制。
简介:摘要表观转录组学代表核糖核酸(RNA)修饰的基因转录后水平调控,参与调控真核生物基因的表达。RNA修饰多存在于真核生物中,方式众多,具有重要功能,其中N6-甲基腺苷(m6A)修饰是真核生物RNA序列中信使RNA(mRNA)上最常见的一种修饰,表现为甲基转移酶催化腺嘌呤在6号氮原子位置发生甲基化修饰,它通过"写入器"、"擦除器"、"阅读器"三类分子生物精准调控来维持动态平衡。m6A修饰与组织发育、生物钟、脱氧核糖核苷酸(DNA)损伤反应、性别决定、肿瘤的发生发展密切相关。人类肿瘤细胞中m6A修饰通过调控多种癌基因和抑癌基因,对肿瘤的发生、发展、增殖、侵袭、转移和免疫应答有重要影响。因此,肿瘤细胞的m6A修饰有望成为一个潜在的抗癌治疗靶点,这对于阐明肿瘤机制和临床治疗具有重要意义。本文还讨论了m6A修饰与病毒感染的关系,包括严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染,这种新发现的病毒导致了2019年12月以来的2019冠状病毒病(COVID-19)全球大流行。
简介:摘要RNA N6甲基化转换酶(m6A)修饰是真核生物重要的基因表达调控机制。m6A修饰主要介导腺苷N6位置的甲基化,是一种可逆性的表观遗传修饰,不仅发生于信使RNA(mRNA),同样也发生于非编码RNA(ncRNA)。此外,RNA m6A参与众多生理和病理过程,也在肿瘤发生、发展中发挥重要作用。文章就RNA m6A修饰在消化系统恶性肿瘤中的作用进行综述。
简介:摘要N6-腺苷酸甲基化(m6A)是大多数真核生物的信使RNA(mRNA)中最常见的修饰之一,它动态可逆地参与RNA生命周期的各个阶段,从RNA加工、出核、翻译到RNA降解。这种修饰是由甲基化酶(writers)安装,可以被去甲基化酶(erasers)逆转,以及被识别蛋白(readers)读取,受到它们的共同调控。随着m6A修饰的检测和测序技术的发展以及单碱基分辨率等新兴技术的兴起,多种m6A相关蛋白陆续被鉴定出来,它们共同调控基因表达的机制已得到了更深入的解析。在此基础上,m6A在肿瘤增殖、迁移、侵袭等过程中发挥的作用日益凸显,相关机制的阐明对肿瘤的诊断与预后表现着极为重要的作用。
简介:摘要缺血再灌注损伤(I/R损伤)是急性肾损伤(AKI)的重要原因,它是由短暂的血流减少或停止再灌注引起的。I/R损伤可导致急性细胞死亡、组织损伤,甚至永久性器官功能障碍。肾脏I/R损伤机制复杂多样,目前尚待深入的研究。RNA甲基化是一种新的表观遗传修饰,参与调控多种生物学过程,如免疫反应、肿瘤的发生转移、干细胞更新、脂肪分化、昼夜节律、细胞发育分化和细胞分裂等。N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物最常见和最丰富的RNA分子修饰,m6A的研究已经证实它们参与了肾脏I/R损伤的调节。本文就m6A甲基化在肾脏I/R损伤中的调控作用和意义的研究进展作一综述。
简介:摘要目的研究阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)患者血液中mRNA N6-甲基腺苷甲基化水平以及甲基转移酶3(methyltransferase-like 3,METTL3)和去甲基化酶脂肪与肥胖相关基因(fat mass and obesity-associated gene,FTO)蛋白的变化情况。方法选取2020年1月至2021年6月在济宁医学院附属医院神经内科门诊及住院就诊的40例AD患者作为患者组,另选40例健康志愿者作为对照组。采集所有被试血样,提取血浆和外周血单个核细胞,采用酶联免疫吸附测定(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)、蛋白质印迹(Western blot,WB)、实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)以及m6A甲基化定量等实验对METTL3、FTO和m6A甲基化水平进行检测,所得数据采用SPSS 23.0统计软件进行t检验。结果两组被试血浆METTL3、FTO蛋白浓度比较,AD组均小于对照组[METTL3:(22.33±3.01)ng/mL,(25.63±1.70)ng/mL,t=6.055,P<0.01;FTO:(63.51±4.95)pg/mL,(69.60±4.60)pg/mL,t=5.704,P<0.01]。两组外周血单个核细胞METTL3、FTO蛋白条带灰度值比较,AD组均小于对照组[METTL3:(0.399 5±0.028 7),(0.676 6±0.053 3),t=7.935,P=0.001;FTO:(0.439 4±0.017 8),(0.782 6±0.087 6),t=6.652,P=0.003]。两组外周血单个核细胞RNA中METTL3、FTO表达水平比较,AD组均小于对照组[METTL3:(0.387 8±0.020 3),(1.010 0±0.177 0),t=6.041,P=0.004;FTO:(0.442 8±0.037 1),(1.003 0±0.090 4),t=9.931,P=0.001]。两组外周血单个核细胞RNA中m6A水平比较,AD组小于对照组[(0.000 571±0.000 167)%,(0.002 514±0.001 284)%,t=6.041,P=0.004]。结论AD患者血浆和外周血单个核细胞中METTL3、FTO和m6A甲基化水平均下降,表明mRNA N6-甲基腺苷甲基化与AD的存在一定的关联。