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  • 简介:摘要目的分析肠道病毒71型2011年本地流行株VP1基因特征学特征。方法收集2011年本地手足口病患者临床标本332份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定,采用RT-PCR对15株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析。根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71VP1序列进行同源性和亲缘进化分析。结果165份标本鉴定为EV71,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.5%~99.9%和99.4%~100%。与C4a亚型的核苷酸和氨基酸最高。亲缘进化树显示,本地株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论本地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链。

  • 标签: 肠道病毒71型 基因特征 遗传进化
  • 简介:目的了解河南省2009年肠道病毒71型(EV71)流行株VP1基因特征。方法采用RT-PCR方法从手足口病患者粪便、咽拭子样品中扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建序列遗传发育树。结果262份样品中,VP1基因RT-PCR扩增鉴定结果显示111份样品阳性,选取其中20份样品进行VP1基因全序列测定,结果显示其与C4亚型代表株核苷酸同源性为90.8%~93.6%,氨基酸同源性为94.0%~99.3%。结论河南省手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。

  • 标签: 手足口病 肠道病毒71型 VP1基因 基因型
  • 简介:目的阐述引起安徽省2008年手足口病(hand,footandmouthdisease,HFMD)流行的肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)基因特征。方法采集HFMD暴发初期患者标本,进行病毒分离、培养,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定上述培养物。扩增病毒株及核酸样本的VP1编码区全基因,并进行序列测定和分析。结果暴发初期分离出3份病毒株,经中和试验及RT-PCR证实为EV71。根据VP1全基因序列与EV71基因型、亚型参考株构建亲缘性关系树,17份测序结果与C4亚型聚为一簇,与A、B、C1、C2、C3、C4基因型别(亚型)的核苷酸的同源性分别为:82.0%-83.0%、84.3%-85.4%、89.7%-91.1%、89.1%-90.7%、88.3%-89.8%、93.0%-94.6%;氨基酸的同源性分别为:93.9%-95.2%、96.6%-97.6%、97.9%-98.6%、98.6%-99.3%、98.3%-98.9%、98.6%-99.6%;簇内比较显示,1株2006年的EV71毒株与另16份2008年样本在C4亚型内又分属两个亚簇,核苷酸、氨基酸的同源性分别为:96.2%-96.9%、98.3%-99.3%。结论引起安徽省2008年HFMD的EV71为C4亚型,与2006年分离的1份毒株有差异,提示安徽省存在C4亚型的不同分支。

  • 标签: 手足口病 肠道病毒A型 基因型
  • 简介:用原子力显微镜(AFM)观察线性DNA并探讨其成像条件。用RT-PCR技术扩增柯萨奇B1病毒VP1基因DNA片段,纯化回收后配制成含和不含1mmol/LMgCl2的水溶液,DNA终浓度为100μg/ml。分别取20μl滴加在新鲜解理的云母片上,吸收1min,用滤纸吸去残液,氮气吹干,在室温下采用MultiModeAFMNanoscopeⅢa的敲击模式成像。同时比较新制备和多次使用过的探析所获得图像的质量,对两种探针进行扫描电镜观察。电泳证明获得了0.83kb的VP1基因DNA线性片段,Mg^2+存在时,DNA在云母片上吸附延展较好,所获图像质量优于无Mg^2+时。新制备的探针较多次使用过的探针所获图像分辨率更高。DNA分子的表现宽度为18±2.9nm,高度为0.8±0.2nm。说明AFM能以高分辨率直接观察DNA分子,Mg^2+的存在和高质量的探针有助于获得理想的图象。

  • 标签: 柯萨奇B1病毒 VP1基因片段 原子力显微镜 成像分析
  • 简介:目的:预测柯萨奇病毒A组10型(CVA10)的VP1蛋白的线性B细胞抗原表位,为CVA10疫苗研制提供理论基础。方法:分析我国近年流行的CVA10分离株的VP1序列进化特征;选择代表株以DNAStar软件预测其VP1蛋白序列的二级结构、亲水性、柔韧性、表面可能性和抗原指数等指标,根据这些指标综合分析预测VP1蛋白中可能的B细胞表位区域。结果:相对于CVA10原型株,我国CVA10分离株的VP1序列已发生了较大的变化;CVA10代表株的VP1中存在较多的β转角,而无规则卷曲结构较少;根据VP1序列的理化性质和二级结构等多种特征,预测到9个可能的线性B细胞表位。结论:成功预测到我国CVA10分离株VP1可能的B细胞表位区域,为CVA10表位疫苗的研发提供了理论基础。

  • 标签: 手足口病 柯萨奇病毒 B细胞表位
  • 简介:根据GenBank公布的小鹅瘟病毒VP1基因保守序列设计了一对引物,建立了检测小鹅瘟病毒PCR方法,并对其特异性、敏感性进行了研究。该PCR方法对小鹅瘟病毒扩增结果为阳性,对照毒株扩增结果均为阴性;对小鹅瘟病毒检测的灵敏性为1pg总DNA量。以上结果表明,该PCR方法特异性强、敏感性高、简便、快速,可用于小鹅瘟的早期确诊和病毒鉴定。

  • 标签: 小鹅瘟病毒 PCR 检测
  • 简介:摘要目的了解云南省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)监测中分离到的2株柯萨奇病毒A12型(Coxsackievirus A12, CV-A12)VP1区基因序列特征。方法对HFMD监测中获得的临床标本开展RD细胞上的病毒分离培养,通过荧光定量PCR和测序方法鉴定为CV-A12的毒株,进一步对其VP1区进行序列测定,并搜集GenBank中CV-A12其他型别的参考株,共同构建系统进化树,分析CV-A12的VP1区基因特征。结果获得2株CV-A12分离株的VP1区序列(888 bp),与2018年的云南参考株毒株同源性最高,其VP1区氨基酸在多个位点上与其他云南参考株存在特异突变。结论云南省HFMD标本中发现的CV-A12已经发生地区特异性VP1基因变异。

  • 标签: 手足口病 柯萨奇病毒A12型 VP1基因
  • 简介:摘要目的了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus,HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus,CV)和新型肠道病毒(enterovirus,EV),以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus,WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus,HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列,测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果RD细胞分离培养出6株毒株,但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性,但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV,与分离培养结果一致,分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型,柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型,但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆,ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体,且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性,ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。

  • 标签: 病毒性脑炎 埃可病毒 VP1基因 血清型/基因型 基因重组
  • 简介:摘要目的原核表达柯萨奇病毒A组5型(coxsackievirus A5,CV-A5)VP1蛋白,并制备抗VP1多克隆抗体(多抗),为CV-A5相关定性定量研究制备试剂。方法逆转录PCR扩增N端截短的CV-A5 VP1-ΔN56后,克隆至原核表达载体pGEX-6P-1,获得pGEX-6P-1-VP1-ΔN56。将其转化大肠埃希菌BL21(DE3),表达重组蛋白并纯化。用纯化的谷胱甘肽巯基转移酶-VP1-ΔN56融合蛋白经背部皮下免疫日本大耳白兔,制备多抗。结果重组表达载体构建成功,融合蛋白以不可溶包涵体存在。ELISA、蛋白质印迹法检测表明,获得的兔多抗效价为107,可特异性识别重组和天然CV-A5 VP1蛋白。结论成功制备重组CV-A5 VP1蛋白及特异性多抗。为中和抗原表征研究及VP1定性定量分析奠定了基础。

  • 标签: 柯萨奇病毒A组5型 原核细胞 基因表达 多克隆抗体 VP1
  • 简介:摘要目的了解辽宁省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中分离到的柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A group 6 type, CV-A6)VP1区基因特征。方法收集2014—2018年辽宁省14个市送检的HFMD患者非肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirusA16, CV-A16)肠道病毒(enterovirus, EV)的阳性标本,通过细胞培养法分离EV,提取病毒RNA,用RT-PCR法对EV VP1区基因扩增和序列测定。利用Blast对测序结果比对后确定病毒基因型别。对鉴定为CV-A6的分离株利用软件DNAStar和MEGA5.0进行VP1区同源性分析,并构建系统进化树。结果2014—2018年辽宁省共收到非EV-A71和非CV-A16其他EV的阳性标本7 379份,用人横纹肌瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells, RD)分离出111株CV-A6。通过遗传进化分析显示,CV-A6流行株形成A、B、C、D分支,D分支分为D1~D3亚分支,2014—2018年43株辽宁省CV-A6分离株处在D2和D3亚分支,D2亚分支11株,D3亚分支32株。辽宁CV-A6分离株间的VP1区基因核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为91%~100%和95.5%~100%;与处在A分支的原型株Gdula的核苷酸同源性为79%~82%,氨基酸同源性为90.9%~92.4%,亲缘关系较远;与2008年芬兰变异株KM114057共同处在D分支,亲缘关系近,核苷酸同源性为93%~96%,氨基酸同源性为93.9%~98%。结论辽宁省CV-A6分离株有D2和D3分支共同流行传播,其中D3分支是优势流行株。

  • 标签: 手足口病 柯萨奇病毒A组6型 基因特征
  • 简介:摘要目的分析并比较2016年浙江省温岭地区EV71型轻、重症手足口病(HFMD)患儿病毒分离株VP1VP4区基因特征及进化关系。方法研究对象为2016年浙江省温岭市第一人民医院分离鉴定的EV71型HFMD患儿,随机选取轻、重症HFMD患儿EV71病毒株各6例,进行VP1VP4区基因扩增和测序,利用DNAStar和Mega 6.0软件对测序结果与美国国立生物信息中心公布的EV71典型基因代表株(A、B1~5、C1~4亚型)进行核苷酸和氨基酸比对分析,并构建系统进化树。结果轻、重症手足口病患儿性别(χ2=14.51,P<0.05)和年龄(t=2.82,P<0.05)差异无统计学意义。两组EV71分离株的VP1区核苷酸同源性为95.8%~99.6%,氨基酸同源性为99.1%~100%;VP4区核苷酸同源性为95.0%~99.9%,氨基酸同源性为99.0%~100%,轻、重症EV71分离株同源性高。它们与典型C4a基因型代表株最接近,氨基酸同源性为:96.6%~100%(VP1)和94.3%~100%(VP4)。3例EV71型重症HFMD患儿分离株分别出现VP1区V170L突变(缬氨酸→亮氨酸),VP1区A293S(丙氨酸→丝氨酸)以及VP4区T7A(苏氨酸→丙氨酸),其他未见明显突变。结论2016年浙江温岭地区轻、重症HFMD患儿EV71病毒分离株VP1VP4区同源性高,且均属于C4a基因亚型。其中几个位点的氨基酸突变可能与浙江温岭地区HFMD患儿疾病危重有关。

  • 标签: 手足口病 肠道病毒71 基因型 疾病严重程度 突变
  • 简介:摘要目的阐明河南省安阳市柯萨奇病毒A10(CV-A10)手足口病流行状况,分析其VP1基因变异和进化特征,为CV-A10病毒研究及手足口病防控工作提供依据。方法收集2011—2015年安阳地区医院收治的手足口临床病例,获得人口流行病学信息和粪便标本,利用荧光定量PCR检测并对肠道病毒进行分型;选取CV-A10感染病例,对CV-A10 VP1基因扩增并测序、亚型鉴定、构建系统发生树、分析病毒进化特征和变异特点。结果2011—2015年分别收集277、514、479、505和495例研究对象,检出肠道病毒阳性标本1 863份(阳性率为82.07%)。CV-A16、EV-A71、CV-A6和CV-A10为主要病毒,占肠道病毒阳性标本的94.26%,其中CV-A10阳性样本52例(占2.79%)。基于数据库CV-A10 VP1基因序列,发现CV-A10可分为A、B、C、D 4个基因型,核苷酸序列相似性为75.1%~84.2%。获得安阳地区26例样本中的CV-A10 VP1基因序列,存在2种基因亚型。结论CV-A16和EV-A71是引起手足口病的主要病毒,CV-A6、CV-A10病原也应该引起关注和重视,近年来CV-A10的流行水平总体平稳,但存在流行水平上升的风险。

  • 标签: 手足口病 柯萨奇病毒A10 基因扩增 分析
  • 简介:摘要目的探讨巨细胞病毒中枢神经系统感染患儿脑脊液(CSF)中VP1序列分子分型研究的临床价值。方法2010年1月至2013年12月胶州市人民医院和滨州医学院附属医院采用通用引物和VP1段分子分型引物分别对63例无菌性脑膜炎和脑炎患儿急性期和恢复期的CSF标本进行扩增,对VP1分型引物扩增阳性片段进行克隆、测序及分型研究。结果采用通用引物经2次PeR检测急性期患儿的CSF标本共47例(47/63,74.6%)阳性,恢复期仅3例(3/57,5.3%)阳性。采用分型引物经2次PCR检测通用引物扩增阳性的47例急性期的CSF标本共3l例(62.0%)阳性,其中4例脑炎和20例脑膜炎进行了序列测定。测序结果通过BLAST软件进行同源性对比分析,发现同一型别内序列同源性在97%-99%,不同型别之间同源性只有74%~76%,所有CSF进行病毒分离,11例(11/63,17.5%)阳性,阳性率明显低于VPl段分子分型的检测结果,除l例CSF标本病毒分离为ECHO7的患儿,通用引物扩增阳性而VPl分型引物扩增失败外,其余血清型别与VPI段分子分型研究结果完全一致。结论巨细胞病毒是儿童无菌性脑膜炎和脑炎最重要的病原体;采用通用引物所建的RTPCR是快速检测巨细胞中枢神经系统感染的有效方法;分型引物扩增VPl部分序列并测序,与GENBANK中的巨细胞病毒标准毒株进行对比,根据基因序列的同源性进行巨细胞病毒分型,为巨细胞病毒的分型及巨细胞病毒中枢神经系统感染、临床诊断研究提供了新的方法和思路。

  • 标签: VPl RT.PCR 巨细胞病毒 分型
  • 简介:摘要目的明确2018—2020年丽江市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的流行情况及2020年EV-A71分离株的基因特征。方法对收集到的2018—2020年丽江市HFMD患者粪便标本进行核酸检测,结果为EV-A71阳性的标本进行病毒分离,扩增其VP1区,获得的序列与参考株构建系统进化树。结果2018—2019年,丽江市HFMD报告病例以≤5岁儿童为主。历年男性病例数均高于女性,但男女性病例阳性检出率差异无统计学意义。构成丽江市HFMD主要病原的是EV-A71、CV-A16和其他EV。其中EV-A71阳性病例2018年1份(0.48%,1/210),2019年未检出,2020年159份(66.53%,159/239)。系统进化分析显示丽江市EV-A71分离株均处于C4a分支,分离株间核苷酸和氨基酸同源性分别是99.44%~100%和99.65%~100%,与攀枝花参考株核苷酸和氨基酸同源性分别是99.10%~100%和98.99%~100%。所有丽江分离株在中国大陆EV-A71常见的氨基酸变异位点均发生了S283T和A293S突变,在B细胞抗原中和表位中的氨基酸序列均未发生改变。结论其他EV、CV-A16和EV-A71作为丽江市2018—2020年的HFMD流行的优势病原交替出现。2020年丽江市流行的EV-A71均为C4a亚型,与攀枝花参考株亲缘关系最近,考虑为攀枝花市输入传播。

  • 标签: 手足口病 肠道病毒 肠道病毒A组71型 VP1区
  • 作者: 孙振璐 牟晓东 刘虹 张瑞卿 徐迎春 宫连凤 刘娟 高巧 董兆静 王佶 马学军
  • 学科: 医药卫生 >
  • 创建时间:2020-09-10
  • 出处:《中华实验和临床病毒学杂志》 2020年第04期
  • 机构:中国疾病预防控制中心病毒病预防控制研究所 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,北京 102206;烟台市疾病预防控制中心 264003,烟台市疾病预防控制中心 264003,烟台市奇山医院 264001,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制研究所 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,北京 102206;河北医科大学,石家庄 050017,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制研究所 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,北京 102206,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制研究所 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,北京 102206;中国科学院生物安全大科学中
  • 简介:摘要目的研究2016年山东省烟台地区手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的病原谱组成特点,分析烟台HFMD病原谱中柯萨奇病毒A组6型(coxsackie virus A group 6 type, CV-A6)流行株的进化及VP1区重要氨基酸位点的变异情况。方法采用real-time RT-PCR方法,对2016年烟台地区采集于HFMD患者的738份样品进行肠道病毒(enterovirus, EV)核酸检测和分子定型,统计各型EV阳性标本数量及比例。根据EV的优势型别,选取8株CV-A6进行VP1区扩增,并进行核苷酸序列测定和分析,然后进行系统进化分析。结果从738份标本中检出EV 460份,主要病原构成为柯萨奇病毒A组16型(coxsackie virus A group 16 type, CV-A16)(56.09%,258/460)、肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)(13.48%,62/460)、柯萨奇病毒A组10型(coxsackie virus A group 10 type, CV-A10)(10.65%,49/460)、CV-A6(9.57%,44/460)、柯萨奇病毒A组4型(coxsackie virus A group 4 type, CV-A4)(1.96%,9/460)。其中成功分离到8份CV-A6阳性标本毒株,并进行了全长VP1区核苷酸序列分析,8株CV-A6的序列分析结果表明,其核苷酸相似性为96.12%~100%,氨基酸相似性为97.78%~100%。系统进化分析显示8株CV-A6烟台株均属于D基因型中的D3基因亚型。与参考株CVA6-Gdula-AY421764相比,烟台市CVA16分离株VP1第10、14、174、194、279、283、305位氨基酸出现突变。结论CV-A16、EV-A71、CV-A10、CV-A6是引起2016年烟台地区HFMD发病的常见病原体,本次分离到的CV-A6均属于D基因型中的D3基因亚型。

  • 标签: 手足口病 病原谱 柯萨奇病毒 系统进化分析
  • 简介:动词后面"到"的词性一直以来存在很大的争议,至今没有形成统一的观点,这一情况严重影响到相关问题的处理。为了解决这一问题,文章采用定性与定量相结合的方法,以现代汉语出现频率极高的动词、形容词为基础,从具有代表性的各种观点入手,分析了这种句型的三种构成形式以及"到"前面动词的情况,参照判断动词的语法标准,弄清了"到"的性质,从中得出结论:动词后面的"到",动词特征比较突出,是动词,并没有介词化。

  • 标签: 语法特征 词性
  • 简介:<正>《现代汉语小词典》(中国社会科学院语言研究所词典编辑室编,商务印书馆1982年版),在“看”字条下列有八个义项,第八个义项是:“用在动词或动词结构后面,表示试一试”。本文讨论的就是这种“看”。通过讨论,以便弄清出现在“看”前面的动词或动词结构(以下记作VP)的特点,“VP看”的语用特点,并对“看”的性质作些讨论。

  • 标签: “看” 祈使 动词结构 谓语 小词典 句子
  • 简介:“左VPVP”对举格式可分为三个次类,且三个次类间存在一个语法化等级序列。语料分析发现,此格式的语法化过程贯穿两条线索:一是“左”“右”词汇语义的分化与虚化;一一是“表动作反复”格式语义功能的产生与发展。“左”“右”词汇语义的分化使其在“S+VP”结构中由主语降格为状语,加之前后两个VP在形式和语义上的变化,古代汉语中两个并列的“S+VP”结构最终在重新分析的作用下形成“表动作反复”的新语言形式;而这一语义功能的稳固又促使该结构获得进一步的发展,最终促成“左一个N,右一个N”这一对举格式。

  • 标签: “左VP右VP” 方位词 对举格式 语义分化 语法化