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  • 简介:比期望,非编码的RNA(ncRNA)基因才是更众多的。然而,与计算算法或生物实验识别ncRNAs仍然是一项困难的任务。最近的报告建议了ncRNAs可以也出现在表示顺序标签(EST的)数据库。不过,内部遗传因子的EST几乎没收到很少注意并且糟糕由于他们的低丰富被注解。这里,我们为从人的EST发现ncRNA基因开发了计算策略。我们首先收集了位于的EST内部遗传因子的区域并且别让详细注解。内部遗传因子的区域被划分成非重叠的50-nt窗口,从UCSC数据库获得的PhastCons分数被分到这些窗口。我们使有超过0.8的PhastCons分数并且有至少三支持EST充当种子的窗户保存。相应于种子的EST的每簇被装配进长contig。我们使用了二个标准从这些contigs为ncRNA抄本屏蔽:第一是最长预言的开的读物框架是不到300nt,第二是可能的Pol-II倡导者在contigs在上游或下游的2,000nt以内存在。作为结果,118新奇ncRNA基因从人的低丰富EST被识别。七个随机选择的候选人,六在由RT-PCR出现的人的2BS房间被抄录。我们的工作证明EST为检测新奇ncRNA基因是“隐藏的财富”。

  • 标签: NCRNA EST 计算机识别 标志序列 RT-PCR
  • 简介:显著进步在自从人的染色体工程的结束,评估人的cancer.1,2,3的高产量技术与继续的革新在前列腺癌症(PCa)的分子的描述被取得了仅仅大约我们的染色体的1.5%-2%为蛋白质编码,这被估计了。例如ENCODE工程,各种各样的染色体宽的途径表明染色体的一个大得多的百分比作为编码的非蛋白质(nc)被抄录RNA,包括的长noncoding(lnc)RNA(超过200位/秒长)。尽管lncRNA的生物角色(‘;genome’的黑暗物质;)不象编码mRNAs的蛋白质一样将近听说得好,他们起重要作用在,是逐渐地清楚的几乎生物学的每个方面,包括癌症biology.4,5,这被表明超过80%联系癌症的单个核苷酸多型性(SNP)在染色体的noncoding区域的最近的染色体宽的协会研究例示。

  • 标签: RNA介导 前列腺癌 非编码 雄激素受体 人类基因组计划 生物学作用
  • 简介:AIM:Toinvestigatethemutationsofthe5'noncodingregionofBCL-6geneinChinesepatientswithprimarygastriclymphomas.METHODS:PCRanddirectDNAsequencingwereusedtoidentifyBCL-6genemutationsinthe5'noncodingregionin29casesofgastricdiffuselargeB-celllymphoma(DLBCL)and18casesofgastricmucosa-associatedlymphoidtissue(MALT)lymphomaaswellas10casesofreactivehyperplasiaoflymphnode(LRH).RESULTS:Sixof29gastricDLBCLs(20.7%),4of18gastricMALTlymphomas(22.2%)and1of10LRHs(10%)werefoundtohavemutations.Allmutationsweresingle-basesubstitutionsandthefrequencyofsingle-basechangeswas0.20x10-2-1.02x10-2perbp.CONCLUSION:Pointmutationsinthe5'noncodingregionofBCL-6genearefoundinChinesepatientswithprimarygastricDLBCLsandMALTlymphomas,suggestingthattheymay,insomeextent,participateinthepathogenesisofprimarygastricDLBCLsandMALTlymphomas.

  • 标签: BCL-6基因 5'编码区 胃淋巴瘤 肿瘤 基因点突变
  • 简介:活动过度的雄激素受体(AR)活动仍然是前列腺癌症和电阻的发作和前进的一个关键决定因素到当前的治疗。管理的机制阉割抵抗前列腺癌症糟糕被理解,但是定义这些分子的事件是必要的以便从前列腺癌症影响死亡。杨等。表明知道是在治疗的overexpressed的那二lnc-RNAs抵抗前列腺癌症,PRNCR1(也作为PCAT8知道)并且PCGEM1,跳到AR提高ligand依赖、ligand独立的AR基因表示和这些相互作用的顺序包含了的前列腺癌症cells.1的增长到acetylatedAR和DOT1L的一个随后的协会的PRNCR1的绑定,为lncRNAPCGEM1的顺序的招募被要求到AR氨基的终点,它接着被遇见

  • 标签: 雄激素受体 前列腺癌 非编码RNA 相关基因 核糖核酸 体内