简介：摘要目的通过病毒宏基因组学方法分析我国北京市销售的海产品贝类所携带的病毒谱情况。方法收集北京市销售的330份贝类样本，经过蛋白酶K结合PEG沉淀处理贝类消化腺和肠道后，利用高通量测序和病毒宏基因组进行分析。结果本研究通过高通量测序后共获得了4 594 270条被注释病毒的基因序列，其中以动物为宿主的病毒序列占21%（965 185/4 594 270）。而在以动物为宿主的病毒序列中，被注释到哺乳动物为宿主的病毒序列占1%（12 205/965 185），包括20个病毒科，包括常见的肠道病毒、甲肝病毒和诺如病毒。诺如病毒基因型包括GII.1、GII.2、GII.13、GII.14和GII.17，GII.2和GII.17诺如病毒基因序列与人间同型流行株的核苷酸相似性分别为100%和98%。结论北京市销售的不同种贝类中含有多种可以引起人类疾病的病毒病原体序列，有必要开展相应的监测和进一步分析病毒生物活性。

简介：摘要目的分析经典型BCR-ABL阴性骨髓增殖性肿瘤（MPN）的基因突变及临床特征。方法应用二代测序方法检测108例初诊BCR-ABL阴性MPN患者[原发性血小板增多症（ET）55例，真性红细胞增多症（PV）24例，原发性骨髓纤维化（PMF）29例]与疾病相关的127个基因突变情况，并分析基因突变与临床特征间的关系。结果108例MPN患者中，100例（92.59％）检出32种基因共211个突变，人均检出（1.96±1.32）个突变。85.19％（92/108）的患者检出驱动基因（JAK2、CALR、MPL）突变，其中69.56％（64/92）的患者至少检出1种附加基因突变。按突变频率由高到低依次为激活信号通路基因（42.2％，89/211）、DNA甲基化基因（17.6％，36/211）、染色质修饰基因（16.1％，34/211）。PV、ET、PMF三组间激活信号通路基因、表观遗传调节基因、剪接体和RNA代谢基因突变个数差异均有统计学意义，PMF附加基因平均突变数目高于ET及PV患者（1.69±1.39、0.67±0.70、0.87±1.22，χ2＝13.445，P＝0.001）。检出≥3个突变基因患者MPN总症状评估量表（MPN 10评分）（P＝0.006）、骨髓纤维化程度（P＝0.015）均较检出<3个突变基因患者高，且HGB水平更低（P＝0.002）；26例（24.1％）患者检出高危基因突变（HMR），HMR突变的患者具有更低的PLT（P＝0.017）和HGB水平（P<0.001），更高的骨髓纤维化程度（P＝0.010）、MPN10评分（P<0.001）。PMF患者ASXL1突变频率高于PV患者（37.9％对4.2％，P＝0.005），ASXL1突变的PMF患者具有更低的PLT和HGB水平（P＝0.029、0.019）。结论近七成MPN患者检出至少1种附加基因突变，24.1％检出HMR突变，各亚组有不同的基因突变模式；PMF患者附加基因平均突变数目更多，ASXL1突变频率更高。ASXL1突变的PMF患者PLT和HGB水平更低。

简介：摘要目的对3例Rett综合征患者进行MECP2基因变异分析，明确其致病原因。方法采集3例患者及其父母外周血提取DNA，设计特异性引物覆盖基因全外显子及其侧翼序列，通过PCR及Sanger测序法和多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification，MLPA)检出患者MECP2基因的变异。结果3个家系的先证者MECP2基因的Sanger测序及MLPA结果分别为，家系1发生c．965C>G杂合变异，家系2发生c．1157_1197del41杂合缺失变异；家系3发生第4外显子部分缺失杂合变异。3个家系先证者的父母均未携带相应的变异，均为新发变异。其中MECP2基因c.965C>G和c.1157_1197del41变异为未报道的新变异。结论根据美国医学遗传学与基因组学学会指南并结合临床表现对上述变异进行分析后推测3个变异均为可能致病性变异，是这3个Rett综合征家系的致病原因。本研究结果丰富了MECP2基因的变异谱，为家系遗传咨询和产前诊断提供了依据。

简介：摘要回顾性分析1例经典型枫糖尿症患儿的临床特点及基因突变特点。患儿，男，出生7 d出现不明原因拒奶，反应差，口吐白沫，同时出现脑病症状。血串联质谱提示总亮氨酸浓度异常升高，尿气相色谱/质谱结果提示2-羟基异戊酸、2-酮-异戊酸、2-酮-3-甲基戊酸、2-酮-异己酸均明显增高，基因检测结果显示BCKDHB基因c.1028delC(p.S343Lfs*9)纯合突变。了解该病的临床症状及基因突变特点，有助于该疾病的早发现、早诊断，以最大程度改善该疾病的预后。

简介：摘要目的利用癌症基因组图谱(TCGA)中的大量胃癌基因组数据，在胃癌组织差异表达的基因中挖掘与预后相关的基因。方法在TCGA数据库中下载胃腺癌相关基因芯片数据，经R语言数据预处理及用edgeR对基因表达数据进行差异表达分析，利用R语言对差异基因进行基因本体论(GO)富集及KEGG生物通路分析。多因素逐步回归Cox分析预测影响生存期的基因，利用Kaplan-Meier Plotter(http：//Kaplan-Meier Plotter.com)网站对上述得到的基因进行在线生存分析。结果TCGA数据库中共筛选胃癌标本305个，癌旁组织30个。得到3 231个胃癌差异基因，其中上调2 005个基因，下调1 226个基因。GO富集主要集中于抗原连接、丝氨酸水解酶活性、受体配体活性、丝氨酸型肽酶活性、丝氨酸型内肽酶活性、糖胺聚糖结合、细胞因子活性、激素活性、肽酶抑制剂活性、金属钛酶活性等分子功能。KEGG生物通路分析主要涉及化学致癌物、神经活性受体-配体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞色素P450对有害物质的代谢、蛋白质的消化与吸收、金黄色葡萄球菌感染、视黄醇代谢、药物代谢P450、类固醇激素生物代谢、胰液分泌等。Cox分析显示，基因GPX3和SERPINE1对胃癌患者生存期有显著影响。受试者工作特征曲线分析显示，GPX3和SERPINE1表达量的高低对胃癌患者生存期有一定的预测价值，二者临界值分别为0.46、0.68时，敏感性为60.35%，特异性为82.06%，曲线下面积为0.763(95%CI为0.828～0.936)。Kaplan-Meier分析发现，GPX3(P<0.001)和SERPINE1基因(P＝0.001)高表达与胃腺癌不良预后有明显关系。结论SERPINE1、GPX3基因表达越高，胃癌患者生存期越短，二者可能作为胃癌预测预后的靶点。

简介：摘要目的分析儿童结节性硬化症(tuberous sclerosis complex，TSC)合并癫痫病例的临床表现及基因型特点，为临床更好地诊断该病提供依据。方法回顾性研究2018年1月至2019年12月湖南省儿童医院神经内科收治的45例TSC合并癫痫患儿的临床资料及基因结果，分析临床表型及基因突变特点。结果共45例TSC患儿纳入研究，男28例，女17例，年龄0.25～10岁。癫痫发作类型仅表现为局灶性发作25例(55.6%)，痉挛发作或痉挛＋局灶性发作19例(42.2%)，局灶性发作＋肌阵挛发作＋强直发作1例，12例脑电图监测到高峰失律，West综合征9例。颅脑病变MRI异常44例(97.8%)，发育迟滞20例(44.4%)，皮肤病变42例(93.3%)，眼部病变7例(15.6%)，心脏病变14例(31.1%)，肾脏病变6例(13.3%)。根据年龄分为3组分别是<1岁、1～3岁、>3岁，不同年龄组颅脑病变率均高，皮肤病变、心脏病变、肾脏病变、智力受损率等3组间比较差异均无统计学意义(P>0.05)；1岁以内癫痫发作以痉挛发作率更高，1岁以上以局灶性发作为主，与其他年龄组比较差异有统计学意义(P<0.05)。收集了16例基因检测资料，TSC1基因突变有2例(12.5%)，TSC2基因突变10例(62.5%)，包括无义突变3例、移码突变3例、错义突变6例、缺失突变1例，其中1例检测出2个突变位点。共检测到5个未见报道的TSCl/TSC2基因突变，该基因有较强的异质性。TSC2基因突变者癫痫发作的主要类型是痉挛发作。结论结节性硬化症临床可表现为多部位病变，合并癫痫者颅脑病变率高，易出现生长发育落后及智力受损，癫痫痉挛发作是1岁以内患儿及TSC2基因突变者癫痫的主要发作形式，局灶性发作为1岁以上患儿的主要发作形式。检测到5个未见报道的TSCl/TSC2基因突变，其中包含3个新生突变，基因有助于TSC的诊断。

简介：摘要目的确定1例多囊肾病家系的致病性突变，为患者家系提供遗传咨询和生育指导。方法利用全外显子组测序分析技术对先证者进行致病基因突变检测，并用Sanger测序对先证者及其家系成员样本进行验证，结合先证者家系的临床资料及ACMG/AMP指南进行新突变的致病性鉴定。结果该家系中的多囊肾病患者存在PKD1 c．6079delA (p.Thr2027fs)杂合移码突变，根据ACMG/AMP指南，该突变具有1个"非常强"的致病性证据(PVS1)、1个"中等"的致病性证据(PM2)和2个"支持证据"(PP3、PP4)，其变异分类为"致病的"。结论PKD1基因c.6079delA致病性新突变的发现丰富了PKD1的基因突变谱，为该家系的遗传咨询和遗传学诊断提供了依据，为无症状的该家系成员进行了症状前诊断，预防其肾功能衰竭的发生。

简介：摘要目的从分子水平明确1例疑似为Donohue综合征的新生儿的诊断。方法对患儿进行全外显子组测序(whole exome sequencing，WES)，之后用Sanger测序和实时定量PCR对候选变异进行验证。结果WES检出患儿携带INSR基因的两处杂合变异，即c.3258＋4(IVS17)A>G和第2外显子缺失，其中前者为新发现的变异。家系分析显示上述变异分别遗传自患儿的母亲和父亲，并经Sanger测序和实时定量PCR证实。结论INSR基因c.3258＋4(IVS17)A>G和第2外显子杂合缺失所构成的复合杂合变异可能是导致患儿发病的原因。

简介：摘要目的基于生物信息学探讨肝细胞癌（肝癌）发生相关基因及其功能。方法从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片，通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因（DEGs）。对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体（GO）功能分析和KEGG通路富集分析，再用STRING网站及Cytscape软件进行蛋白-蛋白相互作用网络分析并筛选出核心DEGs，最后将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析，筛选出与预后相关的DEGs。将与预后相关且在肝癌组织中高表达的DEGs经metascape网站进行GO功能及KEGG通路富集分析，分析与肝癌发生、发展相关的重要基因及其功能。结果从3个基因芯片GSE60502、GSE14520、GSE45267共筛选出DEGs 124个。GO功能、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后筛选出22个核心DEGs，11个基因与肝癌预后相关，其中9个基因在肝癌组织中高表达，包括GINS1、AURKA、NUSAP1、TOP2A、ASPM、RRM2、PRC1、RACGAP1、GMNN。metascape网站及KEGG通路富集分析发现，高表达基因涉及细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变。结论基于生物信息学分析发现9个基因是肝细胞癌发生、发展的重要基因，参与细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变过程。

简介：摘要目的研究miRNA-326是否作用于其靶基因BCL-XL，探讨miRNA调控血小板凋亡的分子机制。方法利用萤火虫荧光素酶和海肾荧光素酶组成双荧光素酶报告基因实验系统，分别构建含有BCL-XL 3′端非翻译区(3′ untranslated region，3′UTR)片段的野生型和变异型的双荧光素酶载体，设置对照组，转染细胞检测相对荧光强度。结果分别构建了PsiCHECK-BCL-XL-3′UTR-WT(野生型)和PsiCHECK-BCL-XL-3′UTR-MT(变异型)的双荧光素酶报告基因质粒载体；miRNA-326序列和PsiCHECK-BCL-XL-3′UTR-WT质粒共转染测定的相对荧光强度显著低于对照组(miRNA-326阴性对照序列和PsiCHECK-BCL-XL-3′UTR-WT质粒共转染组)(P＝0.034)；同时也显著低于miRNA-326序列和PsiCHECK-BCL-XL-3′UTR-MT质粒共转染的变异组(P＝0.022)。结论miRNA-326作用于BCL-XL基因的3′UTR；这为研究miRNA调控血小板凋亡的分子机制奠定了基础。

简介：摘要目的探究抗tau蛋白（pTau）基因腺病毒相关病毒（AAV）载体中枢神经系统（CNS）直接干预对慢性颅脑创伤（CTE）的治疗效果。方法随机选取24只C57小鼠按随机数字表法分为3组，正常对照组（sham组）、CTE 4周组和CTE 12周组，每组8只，采用皮质撞击法建立CTE小鼠动物模型，并在实验开始的第4、12周时取脑组织Western blot检测pTau蛋白相对水平评估该模型；将余56只小鼠按随机数字表法分为7组：sham组、noAAV组、AAVrh.10Null组和编码2B6、CisTau、IPN007、PHF1基因载体组，每组8只，除sham组外，各组小鼠通过皮质撞击法构建CTE模型。第3周时sham组与noAAV组注射等量人工脑脊液，其余各组小鼠分别在海马区注射对应基因编码的表达载体，第4周时所有小鼠安乐死，取脑组织进行免疫荧光和Western blot法评估抗pTau抗体表达，并评估对CTE小鼠的治疗效果。结果CTE小鼠模型4和12周组脑组织pTau明显高于sham组，差异均具有统计学意义（P<0.05）；AAVrh.10 PHF1与AAVrh.10 IPN治疗组显著降低了小鼠脑组织中pTau的水平，且AAVrh.10 PHF1组优于AAVrh.10 IPN组（P=0.032）。结论抗pTau抗体基因的AAVrh.10病毒载体CNS直接治疗CTE有效，为治疗提供了新的方向。

简介：摘要目的总结婴儿型炎症性肠病(IO-IBD)患儿的临床和遗传学特征。方法回顾性分析首都医科大学附属北京儿童医院确诊的48例IO-IBD患儿的临床特征，采用目标基因捕获高通量测序方法对43例患儿行基因测序分析，比较基因突变组和非基因突变组IO-IBD患儿的临床特征。结果48例IO-IBD患儿中，克罗恩病(CD)41例，溃疡性结肠炎(UC) 7例；起病中位年龄2.00(0.24～6.00)月龄，其中1月龄内起病患儿占45.8%(22/48例)。临床症状以腹泻(48/48例，100.0%)、发热(45/48例，93.8%)、便血(37/48例，77.1%)为主，肠外表现以肛周病变和皮疹最常见，均占43.8%(21/48例)。41例CD患儿病变部位以结肠(L2)型为主(30/41例，73.2%)，疾病行为以非狭窄非穿透(B1)型为主(33/41例，80.5%)；7例UC患儿病变范围以全结肠(E4)型为主(4/7例，57.1%)。48例IO-IBD患儿手术率12.5%(6/48例)，临床缓解率50.0%(24/48例)，病死率25.0%(12/48例)。43例IO-IBD患儿行基因检测，共有23例(53.5%)患儿存在有意义的基因突变，其中22例突变基因为白细胞介素-10受体A(IL-10RA)，1例为TTC37。22例IL-10RA突变患儿中，共检测到11个突变位点，包括1例新发突变位点c.635G>C(p.R212P)；c.301C>T(p.R101W)(19例)和c.537G>A(p.T179T)(8例)是最常见的突变位点。与非基因突变组患儿相比，基因突变组患儿起病年龄更早[0.3(0.1～1.0)月龄比(6.27±5.64)月龄，P<0.001]，营养不良[14例(60.9%)比5例(25.0%)，P＝0.018]、口腔溃疡[14例(60.9%)比3例(15.0%)，P＝0.006]及肛周病变[17例(73.9%)比3例(15.0%)，P<0.001]更常见，临床缓解率低[7例(30.4%)比15例(75.0%)，P＝0.004]。结论IO-IBD患儿的单基因突变阳性率较高，IL-10RA基因突变最为常见。基因突变IO-IBD患儿具有起病年龄早，更易合并营养不良、口腔溃疡、肛周病变，有临床缓解率较低的特点。

简介：摘要： 目的：探讨不同基因诊断技术在耐药结核菌检测中的应用观察。方法：选取 2018 年 10 月至 20 20 年 1 月所收治的 80 例痰涂片结核分枝杆菌阳性的患者，并且随机划分为了对照组与观察组，每个组各 40 例，其中对照组采用的是传统基 因 扩增检测技术方案，而观察组则采用的是线性探针检测技术方案，针对对照组与观察组患者痰样本进行药敏试验。结论：试验过程中发现观察组检测率明显要优于对照组，差异具有统计学意义（ P ＜ 0.05 ）。结论：在两组的对比中，对照组所采用的传统基 因 扩增检测技术对于耐药结核菌的检测率明显要低于 观察组 线性探针基因检测技术，为此线性探针基因诊断技术非常值得在耐药结核菌检测临床中推广与应用。

简介：【摘要】目的：探讨COMTval158met基因多态性给产妇分娩镇痛带来的影响。方法：按照随机纳入的方式选择我院于2019.01-2020.01期间所收治的100例产妇作为研究对象，对100例产妇实施基因分型，按照基因分型分为A组（A/A型）和B组（G/G）。对比两组患者在分娩镇痛后10分钟（T1）、30分钟（T2）、胎儿娩出后（T3）、胎盘娩出后（T4）四个阶段VAS评分。结果：A组产妇疼痛评分在各个阶段均高于B组，P<0.05。结论：

简介：摘要目的观察肺移植切除病肺中合并肺癌的临床病理特征，了解其常见驱动基因改变情况。方法分析2017年3月至2018年12月间中日友好医院肺移植术154例病肺标本，收集其中10例终末期间质性肺疾病合并肺癌患者的临床资料，采用HE染色，免疫组织化学染色及荧光PCR法进行病理学观察及肺癌常见驱动基因突变检测。结果肺移植病例中肺癌检出率为6.5%（10/154），10例患者均为男性，平均年龄59岁，重度吸烟病史，基础性肺疾病以特发性肺纤维化多见（4/10）。3例术前明确诊断肿瘤，7例经术后病理检查方才确诊。组织学类型均为非小细胞性癌，其中腺癌8例，鳞状细胞癌2例，出现黏液腺癌成分的比例为3/10。2例伴有黏液腺癌成分的病例检出KRAS基因第2号外显子突变，其余病例未检出NRAS、表皮生长因子受体（EGFR）、间变性淋巴瘤激酶（ALK）、ROS1、BRAF、HER2、PI3KCA及RET基因改变。结论肺癌在终末期间质性肺疾病患者中难以检出，组织学类型以腺癌为主，并且KRAS基因突变发生率高。患者治疗手段有限，预后差。

简介：摘要目的提高临床医师对甲状腺激素抵抗综合征(resistance to thyroid hormone syndrome, RTH)的认识。方法对两例由TRβ基因变异所致RTHβ患儿的临床表现、基因检测结果进行分析。结果患儿1，男，5岁，因突眼1年、颈部增粗半年外院就诊，查甲功示血清游离三碘甲状腺原氨酸(FT3)、游离甲状腺激素(FT4)升高而促甲状腺激素(TSH)水平正常，予甲巯咪唑治疗后TSH升高至>100 mU/L，遂转诊至本院，行基因检测示TRβ第10外显子存在c.1351 T>G(p.Phe451Val)杂合错义变异。患儿2，女，20个月，因精神运动发育落后就诊，查甲功示FT3、FT4升高而TSH水平正常。基因检测示TRβ第10外显子存在c.1326_1327delGAinsAT(p.Met442_Lys443delinsIle*)框内缺失插入变异。结论对甲功示FT4、FT3升高而TSH正常或轻度升高的患者应首先考虑RTHβ，对TRβ基因第7～10外显子热点区域进行测序有助于明确诊断，避免误诊误治。

简介：摘要目的探讨成人软组织肉瘤的基因变异情况，为软组织肉瘤的个体化治疗提供依据。方法收集45例成人软组织肉瘤标本，利用高通量测序技术(HTS)检测肿瘤组织的体细胞突变和胚系突变的基因变异情况，绘制基因变异图谱，结合患者的临床病理特征进行分析。结果45例软组织肉瘤共检测出88个基因中存在的110个变异信息，包括单核苷酸变异78个，插入或缺失13个，拷贝数变异19个。最常见的突变基因为TP53、CDKN2A、MDM2、CDK4、NF1和PTEN等，其中TP53-MDM2/MDM4-CDKN2A通路、CDKN2A/CDK4/RB1通路以及RAS/NF1/PTEN/PI3K通路变异频率最高(32/88，36.4%)。10例患者进行肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定状态检测，TMB为0～4.24个突变/Mb，中位值为2.02个突变/Mb，10例患者均为微卫星稳定型。结论共检测到88个基因突变，其中TP53-MDM2/MDM4-CDKN2A通路、CDKN2A/CDK4/RB1通路以及RAS/NF1/PTEN/PI3K通路变异频率最高；有高频基因突变的患者存在潜在可用药靶点，有可能为软组织肉瘤的个体化治疗提供依据。

简介：[摘要 ] 目的 建立 HPLC法测定依达拉奉的潜在基因毒性杂质联苯胺、硝基苯。 方法 色谱条件为：安捷伦液相1260；柱温：室温；流动相：流动相 A： 磷酸盐缓冲液（取磷酸二氢钠3g，加水适量使溶解，加三乙胺 1ml，加水至 1000ml，摇匀，用磷酸调节 pH值至 4.5）；流动相 B：乙腈；梯度洗脱；进样量： 20μl；流速： 1.0ml/min；检测波长： 230nm。 结果 本分析方法专属性、灵敏度、准确度均良好。 结论 该方法简便、准确，可用于依达拉奉的潜在基因毒性杂质联苯胺、硝基苯的检测。

简介：摘要目的对1例表现为精神发育迟滞、智力低下、语言发育迟缓、癫痫的患儿进行临床表型和遗传学分析。方法对患儿进行外周血常规染色体G显带核型分析。提取患儿及其父母全基因组DNA，应用高通量测序技术对患儿进行测序分析，并对疑似致病变异进行患儿及其父母的Sanger测序验证及生物信息学分析。结果常规染色体G显带核型分析结果患儿核型为46，XX，高通量基因测序结果显示患儿SYNGAP1基因存在c.1861C>T(p.R621X)杂合变异，该变异为无义变异，导致SYNGAP1蛋白翻译提前终止。经Sanger测序验证，患儿父母均未携带此杂合变异。结论SYNGAP1基因c.1861C>T(p.R621X)变异可能是患儿的遗传学病因，基因检测结果为明确诊断及遗传咨询提供了依据。

简介：摘要目的对1例不明原因智力障碍患儿进行遗传学分析，明确导致常染色体隐性智力障碍-27(mental retardation, non-syndromic, autosomal recessive, MRT27)的遗传学病因。方法应用单核苷酸多态-微阵列比较基因组杂交技术以及目标基因捕获测序法对患儿进行智力障碍/发育迟缓相关基因外显子检测。结果排除患儿基因组微缺失/微重复。目标基因捕获测序法检测到患儿的LINS1基因c.722delA(p.Asp241fs)纯合变异，父母均携带c.722delA(p.Asp241fs)杂合变异，符合常染色体隐性遗传方式。结论LINS1基因c.722delA(p.Asp241fs)变异导致了患儿MRT27的发生。