简介:目的建立并评价FTA-DNA直接提取法在病原真菌分子鉴定中的应用。方法采用whatmanFTA-DNA直接提取法从25个不同种属的45株培养的菌株和6例临床标本中提取病原真菌DNA,用于病原真菌的测序鉴定。配制不同浓度的孢子悬液探索该方法的检测限和安全性。结果45株菌株扩增后均能得到1条清晰的DNA扩增片段,并成功测序。应用该方法亦成功从腹水、胸水、口腔拭子、宫颈拭子来源的临床标本中直接提取DNA并成功鉴定病原真菌。该DNA提取方法联合降落PCR能检测到1.0×103个cell/mL的孢子悬液,1.0×104个cell/mL及以下浓度的孢子悬液可以被FTA卡完全灭活。结论FTA-DNA直接提取法可快速有效地从培养的菌株及部分临床标本中提取并保存病原真菌DNA,用于病原真菌的测序鉴定。
简介:目的以分子生物学方法为“金标准”对两种商品化酵母样真菌鉴定产品RapidIDYeastPlus(简称RapIDYST)及API20CAUX(简称API20C)的鉴定效能进行评估.方法从2010年中国医院侵袭性真菌感染监测网菌株库中筛选酵母样真菌25种,共计194株.其中,包含临床最常见的5种酵母样真菌(白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、新生隐球菌)共130株,占研究总菌株数的67.0%.所有菌株已经过分子生物学方法准确鉴定至种水平.菌株复苏分纯后,严格按照产品操作指南,平行进行RapIDYST和API20C鉴定.结果所研究菌株中,有181株(18种)在RapIDYST鉴定菌种数据库中,所有在库菌株种及复合体鉴定正确率为87.8%(159/181).相比,API鉴定菌种库包含菌株174株(18种),在库菌株种及复合体鉴定正确率为92.0%(160/174).RapIDYST与API20C对于5种临床常见的酵母样真菌的种鉴定正确率分别为93.1%和97.1%.对于库外菌株,RapIDYST的鉴定错误率分别为23.1%(3/13),相比API20C的鉴定错误率为60.0%(12/20).综合此次评估结果,二者对酵母样真菌的鉴定效能无显著差异(McNemar检验,P>0.05).结论两种商品化产品对酵母样真菌的鉴定效能基本一致;相较而言,RapIDYST在操作便捷性、检测时间方面具有较大优势.
简介:摘要目的探讨质谱(MALDI-TOF MS)在临床分离的丝状真菌快速鉴定中的应用。方法收集首都医科大学宣武医院2017年1月至2019年1月经形态学鉴定为丝状真菌的菌株,分别采用双甲酸夹心法和甲酸乙腈萃取法提取真菌蛋白并行MALDI-TOF MS鉴定,并与聚合酶链反应(PCR)内转录间隔区(ITS)基因序列测定结果比较;分析丝状真菌菌种分布和标本来源。结果共收集临床分离的丝状真菌90株,其中曲霉菌属70株(77.78%),青霉菌属6株(6.67%),链格孢霉5株(5.56%),镰刀菌属4株(4.44%),赛多孢菌2株(2.22%),米根霉、根毛霉和哈茨木霉各1株(1.11%);其中曲霉菌以烟曲霉47株(52.22%)、黄曲霉13株(14.44%)和黑曲霉4株(4.44%)为主。标本主要来源于呼吸道标本(90.0%)(包括痰标本和肺泡灌洗液),其次为角膜和耳道分泌物(3.33%),痰标本中分离率最多的为曲霉菌(59株、65.56%)。MALDI-TOF MS鉴定到种水平82株,与基因测序结果一致率为91.11%(82/90),鉴定准确率显著高于形态学鉴定结果(68.89%,62/90),差异有统计学意义(χ2 = 12.02、P = 0.01);质谱鉴定丝状真菌中的曲霉菌、镰刀菌、赛多孢菌和链格孢霉时准确率高(98.57%~100%);双甲酸夹心法和甲酸乙腈萃取法前处理的质谱鉴定丝状真菌到种水平的比率分别为91.11%(82/90)和90.00%(81/90),鉴定曲霉菌种水平分别为98.57%(69/70)和97.14%(68/70),但鉴定准确率差异无统计学意义(χ2 = 0.34、P = 0.95);两种前处理方法均可100%鉴定烟曲霉、黄曲霉、赛多孢菌和链格孢霉到种水平,其中89.36%(42/47)烟曲霉和76.92%(10/13)黄曲霉鉴定得分≥ 2.0分。结论MALDI-TOF MS技术鉴定丝状真菌快速准确,双甲酸夹心法前处理操作更简便,适合实验室常规检测,可用于实验室常规鉴定曲霉菌等常见丝状真菌。
简介:分析鉴定ApoCⅢ转基因阳性小型猪.从仔猪尾中提取基因组DNA,通过PCR和Southernblotting等手段进行鉴定;从仔猪肝、小肠、心、肾、肺、脾、胃以及皮肤等冰冻组织以Trizol法提取RNA,以RT-PCR手段进行检测分析.经过对18头仔猪进行PCR分析,显示其中的15头含有人ApoCⅢ基因,随后的测序和Southernblotting亦证实,猪的基因组中已经整合有人ApoCⅢ基因.RT-PCR证实人apoCⅢ基因已经在转基因小型猪的肝脏和小肠中进行了翻译.本研究成功制备了人ApoCⅢ转基因小型猪,可作为高脂血症与动脉粥样硬化疾病之间关系很有价值的研究模型.
简介:目的:分析大花红景天Rhodiolacrenulata与长鞭红景天R.fastigiata、云南红景天R.yunnanensis等云南常见药用红景天及景天属的长丝景天Sedumbergeri的核糖体内转录间隔区(ITS)基因序列,为药用红景天分子鉴定提供依据.方法:用PCR产物直接测序法测定其核糖体内转录间隔区序列并作同源性分析.结果:构建了大花红景天11个地方居群、长鞭红景天9个地方居群、云南红景天1个地方居群及长丝景天1个地方居群的ITS基因片段序列数据库.序列比较的结果表明红景天属样品的ITS序列与长丝景天有显著差别;红景天属内各种序列差异虽小,却存在显著而稳定的差别,能准确鉴定出各种药用红景天植物.结论:根据rRNAITS区碱基序列差异,能准确鉴别大花红景天及其近源植物及药材.