简介：Fungalpathogenscausingpoplarcankerdiseasesarecosmopolitaninspecies,andhaveawiderangeofhosts.Thesepathogenshavediverseanamorphsandtheirmorphologyoverlapswitheachother;Theirteleomorphsarehardlydiscoveredinnature.Furthermore,theidentificationofthesepathogensisusuallylimitedbythegeography,hostandtaxonomicknowledge.Therefore,aculture-independentmethodusedtoidentifydeterminepathogensisexpectedtobedevelopedforfielddiagnostics.Throughamplifying,sequencingandanalyzingmultiplexnucleicacidtemplatesandgeneticmarkedtargetsequences,amultiplexPCRtechniquehasbeenestablishedandusedtodirectlydetectvariousenvironmentalsamples.Inthisstudy,fourpathogenstrainsandenvironmentalsampleswereamplifiedusingfungaluniversalprimersITS1/ITS4andEF1-728F/EF1-986RbygeneralPCRandmultiplexPCR.Theampliconsweresequenced,andthenalignedinGenBank.TheresultshowedthatthemultiplexPCRwasabletosuccessfullyamplifythetargetgeneandidentifythepathogensfromenvironmentalsamplesintheconditionofanannealingtemperatureof55.6℃andprimersfinalconcentrationof0.2μmol·L-1.ThemultiplexPCRcouldamplifythetargetattheconcentrationlevelofapproximatelylngofgenomicDNA.ThismethodwouldprovideausefultoolfortheidentificationofcankerpathogensbythemultiplexPCRandthehigh-throughputDNAmicroarraydetectionofenvironmentalsamples.

简介：AllfactorsaffectingthePCRsysteminPinusmassonianaLambwereinvestigatedonebyone.TheresultsshowthattheoptimumPCRsystemofEST-SSRwere:2μL10×Buffer(Mg2+Free),30ngtemplateDNA,0.1875mmol/LdNTPs,3.75mmol/LMg2+,8pmolprimerpair,1.0UTaqDNApoly-meraseintotal20μLreactionsystem.Finally,atotalof11isolatesofP.massonianawasusedfortestingthestabilityofthePCRamplification.TheresultsprovethattheoptimumPCRsystemwasstable,reliable,highlyrepetitive.

简介：【背景】美洲斑潜蝇是一种严重威胁瓜果蔬菜、烟草、棉花等经济作物和花卉生产的入侵性害虫。由于潜叶蝇类害虫体型较小、生活方式隐蔽、形态相似,本文针对其难以快速准确地进行形态鉴别的问题,以美洲斑潜蝇为研究对象,以菜田常见的4种潜叶蝇类害虫为参照,采用种特异性PCR方法（species-specificPCR,SS-PCR）,研究其快速分子检测鉴定技术。【方法】调用GenBank中一段936bp的美洲斑潜蝇线粒体DNA（mtDNA）细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因（COⅠ）的序列（Gen-Bank登录号为EU219613）,并根据此基因片段的碱基序列设计引物1对,其扩增片段大小为294bp。【结果】种特异性检验结果显示,该引物只对美洲斑潜蝇的COⅠ基因具有扩增能力,对其他种类如南美斑潜蝇、三叶斑潜蝇、葱斑潜蝇、豌豆潜叶蝇等没有扩增能力。该引物不仅对成虫具有良好的扩增效果,对蛹、幼虫以及单粒卵也具有同样的扩增效果,其最低检出阈值为1/3840头成虫。【结论与意义】SS-PCR技术体系可用于美洲斑潜蝇的鉴定识别与检测监测,对阻止其进一步扩散蔓延具有重要意义。

简介：

简介：摘要：PCR温度控制系统的软件设计是PCR仪设计中非常重要的部分之一，其控温效果的好坏直接影响PCR仪基因扩增的成功与否。因而本文主要针对芯片级PCR中温度控制系统软件进行研究。关键词：聚合酶链式反应温度控制SOPC模糊自整定PID一、软件系统工作原理PCR仪中，最重要的部分是对反应温度的控制。PCR仪系统根据用户预先设定的参数来控制变温系统的反应温度。系统首先采集变温系统的当前温度，将当前温度和用户设定的变性温度进行对比，通过控制控制器的运算得到一个输出，将此输出加到被控对象上，使其温度上升至变性温度，达到变性温度后，根据输入的变性温度持续时间，控制变温系统温度持续时间。当此时间到达之后，进入下个反应的温度控制即退火温度的控制。执行完退火阶段温度控制后进入延伸阶段的温度控制。当执行完三个反应的温度控制后，一个循环周期结束，进入下一个循环周期。系统不断的重复控制三个温区的温度，当达到用户给定的循环次数后，反应结束……

简介：摘要目的评价美国ABIPrism®7000荧光定量PCR仪的性能及应用价值。方法按照美国临床实验室标准化委员会(NCCLS)制定的评价标准，对120份标本(HBV-DNA)进行定量检测，评价该仪器的准确性、精密度、线性范围、参考范围等指标。结果准确度相对偏倚为0.3%-7.2%；批内不精密度变异系数（CV）为6.36%，批间不精密度变异系数（CV）为7.15%；线性范围1.0E+3IU／ml-1.0E+7IU／ml；参考范围＜1.0E+3IU／ml。结论ABIPrism®7000荧光定量PCR仪各项性能指标良好，验证通过。ABIPrism®7000荧光定量PCR仪在病毒基因检测具有高效快捷定量的特点，具有很高的临床价值。

简介：摘要目的探讨双重实时荧光PCR技术检测手足口病肠道病毒的应用效果。方法用单一实时荧光PCR先检测标本中的肠道病毒通用病毒核酸,肠道病毒通用病毒核酸阳性再分别用双重实时荧光PCR及单一实时荧光PCR检测CoxA16型和EV71型特异性核酸，比较两种方法检测结果。结果240份标本中肠道病毒通用型核酸阳性157份,双重实时荧光PCR法CoxA16阳性111份，EV71阳性1份,其他肠道病毒45份，单一实时荧光PCR法CoxA16阳性109份，EV71阳性1份，CoxA16+EV71阳性2份，其他肠道病毒45份。EV71和其他肠道病毒符合率为100%。结论双重实时荧光PCR检测技术可以准确检测手足口病肠道病毒，且特异性强、灵敏度高,又可以快速得到检测结果，是一种快速检测手足口病病毒的方法。

简介：摘要目的探讨丙型肝炎病毒(HCV)抗体、HCVRNA联合检测用于丙型肝炎诊断的临床价值，并研究本地区丙型肝炎的感染和流行情况。方法采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测HCVRNA、解离-增强时间分辨荧光免疫分析法（DELFIA）定量检测HCV抗体。结果715例初诊为丙型肝炎的患者中，HCV抗体阳性85例（11.89%），HCVRNA阳性107例（14.96%），两者共同阳性76例（10.63%），其中男性49例（64.47%），女性27例（35.53%），主要集中在35-45岁之间。结论单独检测HCV抗体或HCVRNA均有一定的缺陷，二者联合检测可提高丙型肝炎的检出准确率；RT-PCR技术灵敏度较高，对HCVRNA检出率较高。丙型肝炎在门诊就诊者中阳性检出率较高，且以中青年为主，男女性别感染检出率无差异。

简介：摘要目的研究抵抗素基因-420C/G位点多态性PCR扩增体系优化的实验条件。方法对实验研究中的主要影响因素设置各系列浓度和梯度，进行PCR反应后观察电泳结果，选取最适条件。结果最适温度为55°C，最适Mg2+浓度为1.5mmol/L，最适dNTP浓度为2.5mmol/L。最适扩增循环为35个循环。结论探索抵抗素基因多态性检测的最适实验条件，优化抵抗素基因多态性PCR扩增体系，使其扩增获得最高产物率。

简介：摘要目的探讨荧光定量PCR检测麻风杆菌DNA的拷贝数与涂片抗酸染色镜检阳性程度的相关性。方法对5例现症麻风患者不同时期和16例多菌型治愈者的44份皮肤组织液样本，同时进行荧光定量PCR检测和做涂片抗酸染色镜检,按荧光定量PCR检测麻风杆菌DNA结果的拷贝数和对应涂片抗酸染色镜检结果分为阴性(-)、1+、2+、3+、4+、5+、6+进行统计分析。结果32份皮肤组织液涂片阴性样本中,4份样本荧光定量PCR检测阳性,麻风杆菌DNA拷贝数多为103数量级;12份涂片阳性样本中,对应荧光定量PCR检测全部阳性,麻风杆菌DNA拷贝数多为104～105数量级,和涂片阳性程度基本呈正相关，荧光PCR检测阳性率比涂片抗酸染色高，但经统计学分析差异无显著性，（P>0.05）。结论荧光定量PCR检测麻风杆菌DNA拷贝数与涂片抗酸染色镜检阳性程度有较好的相关性,可以作为麻风病临床诊断和治疗的实验方法。

简介：实时荧光定量PCR是目前基因表达量差异分析的首选方法之一。虽然其操作简单,但如何保证其定量结果的可信度一直是个难题,特别是针对只有20多个碱基的miRNA的定量分析。本研究以水稻miR408在不同组织中的表达差异为实例,系统地优化和阐述了有关荧光定量的新标准及要求。结果表明,引物的浓度对于荧光定量PCR体系的优化至关重要。

简介：摘要目的探讨在安全输血中联合应用ELISA和PCR技术的意义。方法采用酶联免疫吸附试验(ELISA)和荧光定量PCR技术分别对医院患者和献血员的标本进行乙型肝炎病毒血清标志物和DNA含量检测。结果经ELISA法检测，346例医院患者标本，乙型肝炎病毒标志物阴性62份，其中呈HBV-DNA阳性1份(1.5％)；在300例初筛合格的献血员标本中，6份呈HBV-DNA阳性(2％)，其中222份ELISA法全阴性的标本检出HBV-DNA阳性2份(0.9％)。结论本地区人群存在HBsAg阴性的HBV感染；在安全输血中联合应用ELISA和PCR技术检测HBV感染，对提高输血安全性有重要意义。

简介：目的分析比较实时荧光PCR与涂片镜检、培养三种方法在结核杆菌检测的差异。方法对我院疑似结核病患者的临床标本同时进行实时荧光PCR检测、涂片镜检和培养,将三组检测结果进行比较。结果215例疑似肺结核患者痰标本同时采用实时荧光PCR、涂片镜检和培养三种方法检测,阳性检出率分别为46.5%、32.6%和44.7%。实时荧光PCR法与涂片镜检法的阳性率间比较有统计学意义,实时荧光PCR法与培养法的阳性率间比较无统计学意义。112例疑似其他类型结核病患者的胸腹水、脑脊液、穿刺液和尿液等非痰标本同时采用上述三种方法检测,阳性率分别为18.8%、3.6%和16.1%。统计学意义同上。结论实时荧光PCR检测技术在临床上对结核病的诊断和鉴别具有较好的应用价值。

简介：目的建立10个肺癌相关基因的多重甲基化特异性聚合酶链反应（PCR）检测方法并运用于临床标本的检测。方法选取19例肺癌患者病灶组织标本,患者中男性16例,女性3例;平均年龄57.3岁。1例肺部良性病变患者组织标本为男性,年龄52岁。通过质粒构建及甲基化转移酶和亚硫酸盐修饰制备10个基因的甲基化和非甲基化标准品。通过选择甲基化特异性引物来识别甲基化模板,挑选10对甲基化特异性引物并平均分成2组,经最佳聚合酶及最佳退火温度的选择,建立多重甲基化特异性PCR体系,并应用于19例肺癌组织的检测,计算10个基因的甲基化率。结果在成功构建10个基因的甲基化和非甲基化标准品的基础上,建立了它们的多重甲基化特异性PCR检测方法。临床标本检测结果显示10个肺癌相关基因的甲基化率分别为p16INK4A92%,H-cadherin89%,E-cadherin和DAPK76%,TIMP-363%,RARβ50%,MGMT39%,RASSF1A21%,GSTP111%,hMLH10%。2次实验结果重复性较好。结论这种分2组多重甲基化特异性PCR的方法能一次性检测10个基因甲基化状态,可以应用于临床标本的检测。

简介：摘要目的探讨肾综合征出血热患者血清中HV-RNA的RT-PCR检测的可行性，以及扩增的部分HV靶基因的测序分析。方法设计并合成了两套分别互补于HVM基因片段和S基因片段的引物，建立检测肾综合征出血热患者临床血清标本中HV基因的RT-PCR方法，并对扩增的部分HV靶基因进行测序分析和比较。结果206份HFRS患者血清经RT-PCR扩增后，得到特异性的M和S靶基因片段，对急性期HFRS患者血清经RT-PCR检测，结果显示，S基因片段引物对HV靶基因检出率为60.93%，M基因片段引物检出率为40.63%，S基因片段引物的扩增效果显著优于M基因片段，两者相比具有统计学意义（x2=3.67，P＜0.05）。结论S基因片段引物的扩增效果优于M基因片段引物。

简介：目的：应用PCR-变性梯度凝胶电泳技术（denaturinggradientgelelectrophoresis，DGGE）技术检测早期儿童龋治疗前后唾液中微生物多样性的变化。方法：选取北京大学燕东幼儿园22名3-5岁儿童进行口腔检查，在龋齿治疗前和治疗后2周分别取样，采用PCR-DGGE技术检测受试儿童唾液样本，分析治疗前后唾液微生物多样性的变化。结果：治疗前唾液样本DGGE条带数为23±2．9，治疗后唾液样本DGGE条带数为28±4．1，差异有显著性（P〈0．01）；在同一时期内各唾液样本DGGE图谱的相似性高于不同时期样本之间。结论：PCR—DGGE技术可用于与龋病相关细菌的生物多样性的研究以及监测微生物群落组成的动态变化。

简介：摘要目的采用实时荧光PCR方法快速检测公共场所从业人员肠道致病菌，了解实时荧光PCR方法的应用价值。方法随机采集10087份从业人员肛拭子标本分别进行实时荧光PCR方法和培养法检测沙门氏菌和志贺氏菌，分析实时荧光PCR方法的检出率。结果10087份标本中，实时荧光PCR方法共检测出两种肠道菌16例，其中沙门氏菌11例，志贺氏菌5例；阳性率分别为1.09‰和0.5‰。而培养法检测出沙门菌为9例，志贺菌为4例，阳性率分别为0.89‰和0.4‰；另外男性两个致病菌阳性检出率比女性阳性检出率低。结论实时荧光PCR方法可以很好的应用在从业人员肠道致病菌的筛查，该方法可以节省劳动力，降低工作人员的工作强度。并且可以节省从业人员拿到健康证时间。

简介：为了解烟草内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基和稀释平板法从不同生长期的烟草的根、茎、叶中分离得到127株内生细菌。利用细菌16SrDNA特异引物扩增得到16SrDNA的部分片段,长约700bp,分别用内切酶MspⅠ、HaeⅢ、AfaⅠ、HinfⅠ对扩增产物进行限制性酶切。16SrDNAPCR-RFLP分析中,在100%相似性水平处,除了cj23、ty16、cg23、wy6、cj25、wy13、my23、ty7、cj14、cg25、cg2、cj13、my11,my27单独成群外,其余菌株分为15个分类操作单元,其中Otu1、Otu2,Otu27类群最大,分别包括了27、18,26个菌株。对29个代表菌株16SrDNA序列系统发育分析表明,这些菌株主要分布于芽孢杆菌（Bacillus）分支,其余菌株分布于葡萄球菌属（Staphylococcus）、微杆菌属（Microbacterium）、单胞菌属（Sphingomonas）、中华根瘤菌属（Sinorhizobium）、土壤杆菌属（Agrobac-terium）、根瘤菌属（Rhizobium）、纳西杆菌属（Naxibacter）、贪铜菌属（Cupriavidus）、寡养食单胞菌属（Stenotrophomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、泛菌属（Pantoea）、克雷伯菌属（Klebsiella）、Bifissio属系统发育分支。通过Shannon多样性指数对不同生长期分离到的菌株进行多样性分析和比较,结果表明团棵期叶片中分离到的内生细菌多样性最大,随后是旺长期,苗期次之,成熟期最小。

简介：目的优化建立一种敏感、简便、稳定地检测结肠癌患者K-Ras基因突变的方法。方法构建K-Ras基因第二外显子12、13密码子的野生型及突变型质粒,通过优化PCR及肽核酸与特异性引物的浓度关系,达到有效模板浓度低的样品K-Ras基因突变的检测。结果成功构建K-Ras基因第二外显子12、13密码子的野生型和突变型质粒。肽核酸钳制PCR条件优化包括：（1）最佳复性温度为58℃和60℃;（2）有效模板浓度为10^-6pg/μl;（3）引物浓度与肽核酸浓度的最佳比例为20∶1。在K-Ras突变型质粒与野生型质粒浓度比为1∶100时即可检测到突变。结论肽核酸钳制PCR技术较传统的测序方法更为敏感,可以应用于有效模板浓度低的样品,为结肠癌个体化治疗前相关基因检测的有效方法。

简介：目的建立一种检测丙型肝炎病毒（HCV）核心蛋白基因的巢式RT-PCR方法,以及HCV核心蛋白基因区测序分型方法。方法从国际HCV数据库查找HCV核心蛋白基因序列,设计HCVRNA巢式RT-PCR引物及测序引物,并建立巢式RT-PCR反应体系。采用出入境人员抗-HCV阳性血清60份,及50份标本为HCV抗体检测阴性,且谷丙转氨酶（ALT）〉100U/L的血清进行巢式RT-PCR检测,阳性结果使用本研究建立的测序引物进行基因测序以确定HCV基因型。结果60份抗-HCV阳性血清中,42份（70.0%）核心蛋白基因RT-PCR扩增阳性,其中1b型27例、1a型12例、6a型1例、3a型1例、2a型1例。50份ALT〉100U/LR抗-HCV阴性标本中,1份HCV核心蛋白基因RT-PCR扩增阳性,测序鉴定为3a型。结论本研究建立了一种HCVRNA核心蛋白基因的巢式RT-PCR检测和分型方法,为出入境人员HCV的诊断和监测提供重要依据。