简介：摘要为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠（14只雄和11只雌性）粪便样本DNA，基于IonS5TMXL测序平台，利用单端测序（Single-End）的方法，构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤，操作分类单元（Operational Taxonomic Units，OTUs）聚类，利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析，并进一步开展α多样性分析（Alpha Diversity）和β多样性分析（Beta Diversity）。结果显示，从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条，归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上，小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门（Firmicutes，46.04%），拟杆菌门（Bacteroidetes，25.34%）；随后依次为变形菌门（Proteobacteria，17.09%），柔壁菌门（Tenericutes，7.38%），放线菌门（Actinobacteria，1.67%）；这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属（Helicobacter）所占比例最大，为12.44%；其次为乳杆菌属（Lactobacillus，11.39%），梭菌属（Clostridium，6.19%），支原体属（Mycoplasma，4.23%），黄杆菌属（Flavonifractor，3.52%）。综上，高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂，菌种多样，具有进一步研究的意义。