简介:为探索白刺花(Sophoraviciifolia)硬实形成的相关机制,采用IlluminaHiSeqTM2000高通量测序技术对白刺花种子转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进行Nr(NCBInonredundantproteinsequences)、Nt(NCBInucleotidesequences)、Pfam(proteinfamily)、KOG/COG(euKaryoticorthologgroups/clustersoforthologousgroups)、Swiss-Prot(Amanuallyannotatedandreviewedproteinsequencedatabase)、KEGG(kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)和GO(geneontology)分类和功能注释、Pathway注释,并对种子形成的代谢通路中的相关基因进行了分析。转录组共获得了333339724条初始序列,总长为335557bp,初始序列组装获得序列片段的平均长度与N50值分别为282bp和537bp;与KOG功能注释、GO分类及KEGG代谢通路分析后,获得了44840个GO功能注释、46126个KOG功能注释以及89494个PFAM注释:并从KEGG通路中找到有色氨酸代谢、半胱氨酸和甲硫氨酸的代谢途径的编码基因片段分别有66和37个。
简介:通过利用新一代高通量测序手段——转录组测序(RNA-Seq)技术研究巴西蕉(Musaparadisiaca)叶片在60mmol/LNaCl人工模拟盐胁迫0、12h、24h不同时间点的转录组分析。结果表明:盐胁迫12h上调和下调的DEGs(differential-expressedgenes)分别为2938个和2727个;24h分别有834个和893个。GO富集分析,差异基因主要在细胞过程、代谢过程、刺激响应、结合以及催化活性等。KEGG分析,差异基因主要涉及代谢途径、光合作用、黄酮类生物合成、苯丙素生物合成等。通过GO和KEGG显著性富集分析发现,NaCl胁迫12h后差异表达的基因数明显多于24h胁迫后的差异基因表达数。qRT-PCR验证了DEGs的表达趋势与RNA-Sep测序分析结果的一致,证明了RNA-Sep结果的准确性。本研究通过香蕉叶片转录组分析,为研究香蕉耐盐分子机制提供参考。
简介:利用气-质联用仪和ICP-OES型等离子发射仪对雷竹(Phyllostachyspraecox)、白夹竹(Phyllostachysnidularia)、斑竹(Phyllostachysbambusoidesf)、赤竹(SasalongiligulaMcClure)4种竹醋液的组分含量、微量元素进行了测定与分析。结果表明:(1)4种竹醋液组分含量、有机物种类各不相同。斑竹含有81种有机物,白夹竹75种,赤竹76种,雷竹61种,主要包括有机酸类、酚类、酮类、醇类、醛类、酯类及少量其它物质。(2)从K、Ca、Na、Mg元素的含量来看,雷竹的含量最高,斑竹含量最低;重金属Hg、Cd、Se基本没有,重金属As、Pb、Cr、Co等含量各不同。(3)不同竹种的竹醋液化学组分、含量和微量元素各不同,应根据不同的用途进行合理选择竹醋液。
简介:为了找出差异基因用于高油酸油菜育种,对两个油酸含量不同的高油酸油菜材料(油酸含量分别为84.4%和56.2%)成熟期种子进行转录组分析和实时荧光定量PCR分析。IlluminaHiseq,M2000测序得到8.09Gbcleanreads,组成52361个unigene,平均长度为659bp。比对公共数据库得到48911f93.41%)个氨基酸序列。鉴定出6414个在高油酸油菜和低油酸油菜中差异显著的基因,这些基因有1296个在高油酸油菜中上调表达(20.21%),5118个下调表达(79.79%),共有2043个差异基因在119个代谢通路中富集表达。将其中14个与脂肪酸代谢和光合作用相关基因进行荧光定量PCR验证。Bna0799930,Bna0104450和Bna0305890在高油酸油菜中上调表达,其余的下调表达。Bna0501620,Bna0391450和Bna0084310在高油酸油菜中的表达量超过低油酸油菜中表达量2倍以上,分别为4.48倍,4.21倍和2.26倍。这些新发现的差异基因可用于高油酸油菜分子育种研究。
简介:重组材产业国家创新联盟是“国家林业和草原科技创新联盟”框架下的专业联盟,联盟理事长单位由中国林业科学研究院木材工业研究所担任,成员由来自国家级、省级、地市级科研单位、高校、协会和相关企业组成,联盟将在国家林业和草原局的充分支持下,依托国家林业和草原局重组材工程技术研究中心,充分利用中国林业科学研究院木材工业研究所和参与科研单位和企业的现有技术基础和科研条件,通过国家科研项目经费、企业自筹以及基本建设费等渠道争取经费支持,联盟将在突破重组材产业化过程中的重大瓶颈问题上,在创建运行机制、争取条件建设上下功夫,将要依靠技术的先进性、经济的可行性和模式的复制性来实现我国丰富的人工林资源及竹材资源的有效利用,实现重组材的产业规模化,管理集约化,生产标准化,产品品牌化,品牌国际化,销售订单化,价值创汇化,推动我国重组材产业实现跨越式发展。
简介:通过原位进行控制、低氮和高氮(0,60,240kg/(hm^2·a))3个氮添加处理,采用挖壕沟法区分自养呼吸,研究板栗林土壤不同组分呼吸对氮添加的响应机制.结果表明:1)氮添加处理对土壤温度和湿度的影响均不显著(P>0.05);2)在控制处理样地中,土壤呼吸、异养呼吸和自养呼吸速率分别为(3.47±0.09)、(2.26±0.10)和(1.21±0.16)μmol/(m^2·s),土壤不同组分呼吸对氮添加处理有不同的响应,低氮添加显著促进了土壤呼吸及不同组分呼吸(P<0.05),高氮添加则显著抑制了土壤呼吸及异养呼吸(P<0.01),而对自养呼吸无显著影响(P>0.05);3)在控制处理样地中,土壤呼吸、异养呼吸和自养呼吸的Q10值分别为2.44、1.93和4.10,氮添加处理可显著降低自养呼吸的Q10值(P<0.05),而对土壤呼吸和异养呼吸无显著影响(P>0.05).
简介:茶树是重要的叶用经济作物,但是茶树每年都要开花结实,消耗大量的养分,导致茶树鲜叶产量减少和品质降低。雌蕊缺失茶树资源是天然的不结实茶树品种。采用IlluminaHiSeqTM2500高通量测序技术,对雌蕊缺失茶树花花芽、花蕾、花进行转录组分析。经组装获得237484条Transcripts,取最长Transcripts作为Unigene,有182123条,将获得的Unigene与Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等七种数据库进行注释,有22049条Unigene被注释上26种KOG分类,注释到KEGG的Unigene条数为21315,涉及的pathway有130条。此外,发掘出与花器官形态建成的ABCDE模型的功能基因31个,这些注释信息的完成为茶树花器官发育基因及性别决定相关基因的发掘提供了重要依据。