简介：多基因共表达在多领域有重要的应用价值,大肠杆菌共表达系统包括多顺反子系统和双质粒系统,两者各有优缺点。多顺反子系统不需外界2种抗生素的同时存在,但操作较为复杂。通常认为,具有相同复制子的质粒是不相容的,但近来的实验表明,在双抗生素的选择压力下,不相容的双质粒系统也能稳定传代,且操作简单,周期较短。双质粒系统已经应用于生产、医学等各个领域。

简介：无

简介：摘要目的通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别脓毒症发生发展过程中的关键基因。方法从基因表达数据库（GEO）中下载基因表达数据集GSE154918，其中包含对照40例、无症状感染12例、脓毒症39例、脓毒症随访14例，共105例芯片数据。采用R软件筛选出脓毒症差异表达基因（DEG），用分布式访问视图集成数据库（DAVID）、检索交互基因的搜索工具（STRING）和可视化软件Cytoscape进行基因功能和通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析及关键基因分析，筛选出脓毒症发生发展过程中的关键基因。结果通过WGCNA并结合DEG表达分析得到46个候选基因，对这46个基因进行基因本体（GO）、京都市基因与基因组百科全书（KEGG）途径富集分析得到基因功能和参与的信号通路。进一步使用STRING数据库构建PPI网络，通过PPI网络可视化软件Cytoscape选出5个关键基因，包括肥大细胞表达膜蛋白1基因（MCEMP1）、S100钙结合蛋白A12基因（S100A12）、脂肪因子抵抗素基因（RETN）、c型凝集素结构域家族4成员基因（CLEC4D）、过氧化酶增殖因子活化受体基因（PPARG），对这5个基因分别进行表达差异分析，结果显示，在脓毒症患者中上述5个基因的表达水平较健康对照者显著性上调。结论本研究通过构建WGCNA方法筛选出有关脓毒症的5个关键基因，可能成为潜在的脓毒症诊疗相关候选靶点。

简介：技术革新推动着新媒体的发展与普及，新媒体的不断兴盛为公民表达意见、抒发情感等提供了平台，满足了公民的表达需求。公共领域是话语民主实现的重要条件，但这种公共表达由于公民个人情绪、媒体引导等因素使得话语民主成为一种幻象。

简介：摘要目的通过对创伤性脑损伤（TBI）后脑组织的基因表达谱数据进行权重基因共表达网络分析（WGCNA），筛选具有重要意义的基因集，并明确其涉及的功能及信号通路，为TBI的机制研究和治疗提供参考。方法在基因表达数据库（GEO）中下载大鼠TBI基因表达谱数据GSE2871，将全部47个大鼠脑组织样本的8 799个基因的表达情况进行WGCNA分析；计算选择β加权软阈值后，对全部基因构建无向加权基因网络，识别具有高度绝对相关性的基因集；从数据库中获取样本信息并计算样本特征与模块间的相关性，选取与损伤程度及取样部位相关的模块进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，从而获悉上述关键模块中基因涉及的生物学过程和通路；计算关键模块内基因的模块相关度和性状相关度，进而遴选关键模块中的核心基因。结果将GSE2871表达谱数据库中的所有大鼠脑组织样本和基因纳入WGCNA，共得出22个模块，分别标记为模块A~V。其中模块E、G、T、U与取样部位显著相关，模块E和模块G同时与损伤程度显著相关；GO分析和KEGG通路分析提示，与损伤程度和取样部位均显著相关的模块E、G中的基因主要参与白细胞迁移、细胞趋化及各种免疫反应调控等相关生物学过程，涉及抗原处理与呈递、细胞因子-细胞因子受体相互作用及白细胞介素（IL）-17信号等信号通路。与取样部位显著相关的模块T、U主要参与低氧反应、细胞代谢、细胞膜离子通道调控和信号传导等生物学过程，涉及神经退行性疾病信号通路、核糖体、自噬、神经活性的配体-受体相互作用等信号通路；Tuba1b/1c、Ifitm3、Cebpd、Nfkbia、Serinc3、Pmpcb、Cyp4a8等为上述关键模块的核心基因。结论与大鼠TBI显著相关的基因主要参与免疫激活、炎症反应、能量代谢异常、钙离子通道失调、自噬异常及细胞凋亡等病理生理环节。

简介：目的筛选肾透明细胞癌进展相关基因。方法通过构建共表达网络筛选肾透明细胞癌进展相关基因并进行初步验证。结果基于GSE36895数据得到2173个差异基因用于构建共表达网络。通过共表达网络确定与肾透明细胞癌进展最相关的棕色模块(r=0.52)为枢纽模块,进一步筛选得到6个枢纽基因TOP2A、CDK1、CDC20、KIF11、CCNB2、BUB1。通过测试集GSE73731数据对枢纽基因进行验证,各枢纽基因表达量与肾透明细胞癌进展均呈显著正相关(P<0.0001);其中CDC20、BUB1对于低级别(gradeⅠ、Ⅱ)及高级别(gradeⅢ、Ⅳ)肾透明细胞癌有较高的诊断效能(AUC>0.7,P<0.0001)。另外基于TCGA数据,各枢纽基因表达量与肾透明细胞癌病理分期及预后均显著相关。GO富集及KEGG通路分析显示枢纽模块基因显著富集于细胞周期相关生物过程及通路。GSEA显示枢纽基因高表达组主要富集于细胞周期及免疫相关通路。结论通过WGCNA构建共表达网络筛选得到的6个枢纽基因与肾透明细胞癌进展及预后密切相关,枢纽基因可能通过细胞周期相关通路来影响肾透明细胞癌进展及预后。

简介：摘要目的寻找与肠正常黏膜(NOR)到结直肠腺瘤(CRA)再到结直肠癌(CRC)的进展密切相关的基因。方法利用数据集GSE37364(包括38例NOR，29例CRA及27例CRC)构建加权基因共表达网络分析(WGCNA)，选择软阈值为10确保基因无尺度网络分布，构建关系矩阵转换为邻接矩阵，进一步构建拓扑重叠矩阵鉴定与疾病进展相关的基因模块并寻找其枢纽(Hub)基因。对Hub基因在数据集GSE20916中进行单因素方差分析及组间t检验，数据集GSE14333中进行t检验，以确认Hub基因与疾病进展的相关性。结果筛选出1 858个差异表达基因进行分析，确定一个重要的基因模块(黄色模块)和该模块中的4个Hub基因：抑制素βA(INHBA)、趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体1(CXCL1)、CCAAT增强子结合蛋白(CEBPB)，进一步线性回归分析发现INHBA与疾病进展高度相关(R2＝0.793)。基因富集分析表明，该模块中的INHBA主要参与细胞增殖的调控。在GSE20916数据集中进行分析，INHBA在NOR、CRA、CRC中表达分别为2.732±0.1441、2.81±0.1347、2.946±0.1603，INHBA表达与NOR至CRA再至CRC的进展密切相关(F＝16.99，P<0.0001)，在CRA及CRC表达均高于NOR(P<0.05)，在CRC中表达高于CRA中表达(P<0.01)。在数据集GSE14333中，INHBA表达在Dukes分期A、B、C、D期CRC中表达分别为9.658±1.349、10.32±1.105、10.56±1.234、10.26±1.26，Dukes分期B、C、D中INHBA表达均高于Dukes分期A期CRC，差异有统计学意义(P<0.05)，在B、C、D期中表达差异无统计学意义。结论通过共表达分析发现INHBA可能通过调节细胞增殖与NOR、CRA和CRC的进展有关。

简介：摘要目的检测CD34、HLA-DR在急性髓系白血病患者骨髓中的表达情况，探讨CD34/HLA-DR抗原共表达与AML完全缓解率与临床指标的关系。方法选取同期收治的AML初治组患者65例(其中治疗后完全缓解者38例，未缓解者27例)骨髓细胞为研究对象，应用流式细胞仪检测CD34、HLA-DR的表达，同时统计初诊时的白细胞数等临床指标。结果31例CD34/HLA-DR共表达AML患者仅有12例达到完全缓解，CR率为38.71%，而34例非CD34/HLA-DR共表达AML患者的完全缓解率达76.47%，两者差异具有显著统计学意义。结论CD34、HLA-DR共表达AML患者的完全缓解率较低，为预后不良因素之一。

简介：摘要目的为胶质瘤患者识别有效的生物标志物。方法从中国脑胶质瘤基因计划谱(CGGA)下载附有完整临床随访信息的464例胶质瘤患者mRNA表达谱。加权基因共表达网络分析(WGCNA)用于识别出与胶质瘤WHO分级相关的基因模块，并同时进行单因素及多因素Cox回归分析鉴别出与胶质瘤患者生存相关的基因。结果在加权基因共表达分析中，Brown模块与脑胶质瘤WHO分级呈正相关(r＝0.55，P<0.01)。选择单因素分析中与患者临床预后最显著相关的5个基因(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3，PLAT)进行多因素生存分析并建立预后模型，计算风险评分。受试者工作特征曲线证实该风险评分在预测胶质瘤患者1、3、5年生存率上具有高精准度。上述生存分析结果均在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中得到验证。结论本研究确定了五个独立的脑胶质瘤预后因素(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3及PLAT)并建立了预后模型，为临床判断胶质瘤患者预后提供新的思路。

简介：摘要目的为胶质瘤患者识别有效的生物标志物。方法从中国脑胶质瘤基因计划谱(CGGA)下载附有完整临床随访信息的464例胶质瘤患者mRNA表达谱。加权基因共表达网络分析(WGCNA)用于识别出与胶质瘤WHO分级相关的基因模块，并同时进行单因素及多因素Cox回归分析鉴别出与胶质瘤患者生存相关的基因。结果在加权基因共表达分析中，Brown模块与脑胶质瘤WHO分级呈正相关(r＝0.55，P<0.01)。选择单因素分析中与患者临床预后最显著相关的5个基因(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3，PLAT)进行多因素生存分析并建立预后模型，计算风险评分。受试者工作特征曲线证实该风险评分在预测胶质瘤患者1、3、5年生存率上具有高精准度。上述生存分析结果均在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中得到验证。结论本研究确定了五个独立的脑胶质瘤预后因素(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3及PLAT)并建立了预后模型，为临床判断胶质瘤患者预后提供新的思路。

简介：目的：构建白细胞介素7（IL-7）和增强型绿色荧光蛋白（EGFP）共表达的重组腺病毒载体,为进一步感染干细胞奠定基础。方法：将目的基因IL-7克隆到含有报告基因EGFP的穿梭质粒中,然后再将构建的重组穿梭质粒转移至pAdxsi载体中,构建重组腺病毒载体质粒,继而在H293细胞中扩增,纯化后测定病毒滴度。结果：pShuttle-EGFP-mIL7重组穿梭质粒经酶切鉴定得到0.5kb和5.1kb2条带;pAdxsi-EGFP-mIL7重组腺病毒载体质粒经酶切鉴定得到14K、11.8K、3.1kb、2.66kb、2.47K、1.45K、0.6K7条带;TCID50法测定纯化后的病毒滴度为2×10^10pfu/ml。结论：pAdxsi-EGFP-mIL7重组腺病毒载体构建成功。

简介：无

简介：摘要目的探讨应用加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法寻找髓母细胞瘤中特异表达的基因模块，筛选可能诊断和治疗髓母细胞瘤的标记基因。方法采用WGCNA对髓母细胞瘤中与生存相关的基因模块进行鉴定。利用Cytoscape软件构建共表达网络。采用Kaplan Meier（KM）分析方法对核心基因进行生存分析。结果根据WGCNA分析结果发现绿色模块与生存性状显著相关。对绿色模块基因进行分析结果显示，利用cytoscape软件筛选出了与生存性状相关性最大的核心基因UBE2G1，并进行了鉴定。结论UBE2G1可能作为一个候选的诊断性生物标志物和一个有希望的治疗靶点。

简介：目的：研究新型报道基因——绿色荧光蛋白（greenfluorescentprotein，GFP）和目的基因HSV-TK基因在哺乳动物细胞内的表达。方法：将同时表达GFP和HSV-TK的多右反子重组逆转录病毒GCGPTKSN，分别转染K562、NS-1、EL4、Sp2/0细胞株，并在体外应用荧光显微镜检测GFP的表达，同时GCV杀伤试验检测HSV-TK基因表达。结果：GFP在四种细胞系中高效表达。高浓度的GCV能有效抑制转染细胞的生长。结论：逆转录病毒载体能介导GFP和HSV-TK基因进入多种细胞系，并在那里共表达。GFP基因是一种很有前途的报道基因，这为基因转移的检测以及转基因细胞的筛选提供了一种新的方法。

简介：摘要目的挖掘结肠癌肝转移过程中的核心基因模块和分子靶点，并验证其对临床预后及结肠癌转移能力的影响。方法基于GEO数据库结肠癌肝转移测序样本，利用权重基因共表达网络分析（WGCNA）技术筛选转移相关基因模块。利用MCODE软件进一步挖掘结肠癌肝转移相关核心子模块并分析其功能。基于TCGA数据库，进行子模块基因对结肠癌预后影响的大临床样本验证。分子生物学方法验证子模块基因对结肠癌细胞系HCT116迁移和侵袭能力的影响。结果WGCNA分析筛选出5个基因模块，其中模块1与结肠癌肝转移关系密切。模块1共包含4个核心子模块，主要参与G蛋白偶联受体信号调节、表观遗传学调控、mRNA的剪接调节等功能。大临床样本验证发现子模块4中的FOXC1基因与结肠癌患者生存率密切相关。敲减FOXC1在HCT116细胞中的表达后，HCT116的迁移能力（t=3.123，P=0.035）和侵袭能力（t=2.936，P=0.043）受到显著抑制。结论本研究筛选出的结肠癌肝转移相关子模块可能具有重要的促转移作用，子模块基因FOXC1与结肠癌患者较差的生存率相关并具有促结肠癌转移能力。

简介：目的构建超抗原SEA和喉癌来源的MAGE-A3基因共表达的真核表达载体,检测、鉴定其在293T细胞中的表达.方法分别用RT-PCR方法及人工化学合成法获得MAGE-A3和SEA基因片段,然后依次将MAGE-A3和SEA基因克隆至含内部核糖体进入位点的真核表达载体IRES序列的上、下游,构建成重组质粒pMAGEA3-IRES-SEA.经脂质体转染至293T细胞以后,用荧光定量PCR、蛋白免疫印迹分别鉴定SEA、MAGE-A3基因的表达.结果限制性内切酶酶切分析证实MAGE-A3基因和SEA基因均正确地克隆在pMAGEA3-IRES-SEA中,基因测序结果与GenBank公布的MAGE-A3、SEA序列完全一致,实现了双基因的正确重组.重组质粒转染293T细胞后能检测到MAGE-A3、SEA基因的高水平表达.结论成功地构建了pMAGEA3-IRES-SEA真核表达质粒,并能在293T细胞中有效表达MAGE-A3和SEA蛋白,由此奠定了其作为抗喉癌DNA疫苗应用的基础.

简介：摘要目的筛选与老年肺腺癌患者肿瘤浸润免疫细胞相关的关键基因。方法回顾性分析，训练集的基因表达数据来源于癌症基因组图谱数据库，验证集来源于基因表达综合数据库的GSE72094数据集，筛选年龄≥75岁的肺腺癌患者91例，14例匹配的正常样本。肿瘤浸润免疫细胞水平由反卷积算法计算，训练集采用加权基因共表达网络分析筛选与肿瘤浸润免疫细胞水平相关的关键基因，并应用外部数据集验证。结果在老年肺腺癌患者中，IKZF1和PRKCB的高表达与自身免疫疾病和T细胞受体信号通路等相关，其编码的蛋白可与IL2RB、LCK和CD5等多种免疫调节因子相互作用。在IKZF1和PRKCB基因高表达患者中，PD-L1、PD-1和CTLA-4等免疫检查点基因的表达高于低表达患者(均P<0.01)。验证集结果表明，CD8+T细胞水平与IKZF1(r＝0.75)和PRKCB(r＝0.65)的表达相关(均P<0.01)。结论老年肺腺癌患者肿瘤组织中的IKZF1和PRKCB表达与肿瘤浸润CD8+T细胞和免疫检查点基因的表达相关。

简介：摘要目的采用加权基因共表达网络分析法，筛选影响脓毒症预后的关键基因。方法从美国生物技术信息中心的基因表达数据库中，获取脓毒症患者和健康志愿者外周血基因芯片数据GSE54514，采用R语言加权基因共表达网络分析包构建脓毒症患者与健康志愿者差异基因的共表达网络，筛选与脓毒症预后相关的模块与枢纽基因，并对与脓毒症预后相关性最高的模块中的基因进行富集分析。结果通过对脓毒症患者与健康志愿者的622个差异表达基因构建共表达网络，筛选得到与脓毒症预后相关性最高的模块。GO富集分析显示该模块中的基因与髓系细胞的激活、中性粒细胞的激活相关；而KEGG通路富集分析显示这些基因在病毒感染过程中具有重要作用。最后通过构建蛋白质互相作用网络在与脓毒症预后相关性最高的模块中筛选得到15个枢纽基因。结论通过生物信息学方法挖掘出与脓毒症预后高度相关的15个关键基因，这些基因与调节机体对感染的免疫应答有关。

简介：摘要目的通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例，WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块；针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路；以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例，行差异表达基因分析；筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验)，筛选预后相关基因，Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强(R＝0.46，P<0.05)，为共表达基因，包含基因1 216个，富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰，RNA相关酶的活性等过程)；差异表达基因分析显示，MYCN扩增组相较于非扩增组，基因表达上调47个，表达下调123个；WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因，行生存分析显示同预后相关的基因(P<0.05)有12个，其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱，或为神经母细胞瘤独立预后因素。结论LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因，与较差的预后相关，是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。

简介：摘要：为了构建新城疫病毒（NDV）HN基因与人Survivin反义核酸共表达质粒。试验以前期克隆NDV HN基因为基础，将pMD18-HN通过BamHⅠ和NotⅠ酶切后，与重组质粒pcDNA3.1-Survivin ASODN通过T4连接酶连接，然后利用多种限制性内切酶酶切鉴定。结果表明：酶切鉴定证实正确地构建了pcDNA3.1-Survivin ASODN\HN共表达质粒。该共表达质粒的构建有助于HN质粒抗肿瘤机制的深入研究。