简介:摘要宏基因组学利用新一代高通量测序技术,以特定环境下病原体基因组为研究对象,在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上,进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系,发掘潜在的生物学意义。目前,绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价,宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白,北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果,就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作,从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方面提出了具体的实施方案,具体包含:标本类型和病原体范围、生物信息流程建立、生物信息分析参考盘制备和评估、湿实验流程的建立、背景核酸数据模型的建立、参考盘制备和全流程的性能确认等。
简介:摘要:宏基因组学主要是环境中全部微生物样本遗传物质进行测定,同时对微生物多样性、菌群结构以及功能活性等方面进行分析。本文综述了宏基因技术在微生物发酵、活性物质开发以及肠道微生物等方面的应用,为宏基因技术在未来微生物研究中提供方向。
简介:摘要宏基因组学主要是环境中全部微生物样本遗传物质进行测定,同时对微生物多样性、菌群结构以及功能活性等方面进行分析。本文综述了宏基因技术在微生物发酵、活性物质开发以及肠道微生物等方面的应用,为宏基因技术在未来微生物研究中提供方向。
简介:壳聚糖酶是制备低聚壳聚糖的关键酶。本研究对已报道可培养微生物的壳聚糖酶序列特征进行分析,筛选出海洋宏基因组测序数据中的新假定壳聚糖酶。应用结构模建和分子对接的方法探讨假定壳聚糖酶的催化机制。结果表明:1)已报道的214个已知壳聚糖酶主要分布在GH46(201),GH8(7),GH75(3),GH5(2)和GH3(1)家族。氨基酸长度、分子质量和等电点分别集中于200-400aa,20-40ku和4.0-7.0;2)从海洋宏基因组测序数据中共获得237个假定壳聚糖酶,分布在GH8(13),GH46(27),GH5(85),GH3(100),GH18(3),GH25(2),GH10(1),GH30(1),GH35(2),GH42(1),GH77(1),GH16(1)家族。这些新酶序列与已知壳聚糖酶相似度低,其一级结构关键区域保守,结构域、氨基酸长度、分子质量和等电点与已知壳聚糖酶相似;3)应用I-TASSER对来源于4个不同家族的蛋白序列进行结构模建,发现与已知壳聚糖酶的结构相似,用autodock与壳寡糖进行分子对接,从理论上验证了海洋宏基因组新壳聚糖酶的功能。
简介:摘要目的通过病毒宏基因组学方法分析我国北京市销售的海产品贝类所携带的病毒谱情况。方法收集北京市销售的330份贝类样本,经过蛋白酶K结合PEG沉淀处理贝类消化腺和肠道后,利用高通量测序和病毒宏基因组进行分析。结果本研究通过高通量测序后共获得了4 594 270条被注释病毒的基因序列,其中以动物为宿主的病毒序列占21%(965 185/4 594 270)。而在以动物为宿主的病毒序列中,被注释到哺乳动物为宿主的病毒序列占1%(12 205/965 185),包括20个病毒科,包括常见的肠道病毒、甲肝病毒和诺如病毒。诺如病毒基因型包括GII.1、GII.2、GII.13、GII.14和GII.17,GII.2和GII.17诺如病毒基因序列与人间同型流行株的核苷酸相似性分别为100%和98%。结论北京市销售的不同种贝类中含有多种可以引起人类疾病的病毒病原体序列,有必要开展相应的监测和进一步分析病毒生物活性。
简介:【摘要】目的:本研究旨在探讨宏基因组二代测序(mNGS)在预测院内感染方面的应用价值,并与常规微生物学检测(CMT)进行比较。方法:我们回顾性分析了2022年1月至2022年12月在我院收治的75例疑似院内感染患者。所有样本都同时进行了CMT和mNGS检测。结果:通过CMT确诊感染的有30例(40%),而通过mNGS确诊的有45例(60%)。统计分析显示,mNGS在诊断准确性(P=0.01)、报告时间(P=0.004)、病原体种类检出(P=0.003)以及混合感染检出率(P=0.01)方面均显著优于CMT。结论:mNGS在院内感染的预测和诊断方面具有高度的应用价值,表现出对多种病原体以及混合感染的高灵敏度和准确度,且能在更短的时间内给出结果。
简介:摘要基因测序作为新型冠状病毒确诊的两种方法之一,其检测原理区别于实时荧光定量PCR(RT-PCR),在临床应用中有其优势及挑战。病原宏基因组测序(mNGS)是目前临床上最常用的病原基因测序方法。mNGS对病原广覆盖的特点不但使其对于新型冠状病毒这类新发病原体的快速鉴定具有其他方法学无可比拟的优势,还可以同时为其他病原和混合感染的精准诊断提供依据。但另一方面,由于mNGS操作复杂、检测时间相对较长等原因,在新型冠状病毒的检测上无法实现大范围推广、快速诊断的目的。因此,mNGS可与RT-PCR技术联合使用,实现优势互补。
简介:摘要虫媒传播疾病是危及生命的严重传染性疾病,快速且精准病原学诊断是临床及时有效治疗并降低病死率、减少后遗症的前提。虫媒病实验室诊断以靶向性的血清学检测和聚合酶链反应为主,对少见虫媒病原体检出困难。目前,宏基因组二代测序技术(mNGS)已从科研走向临床应用。mNGS检测感染标本中全部生物的核酸序列并进行生物信息学分析,在少见病原体诊断和溯源方面具有显著优势。但同时mNGS也面临着整个操作流程中可能引入的背景微生物污染、数据库限制造成的错误结果、临床治疗亟需的病原体耐药性和宿主免疫状态等信息的挑战。该文主要就mNGS技术、其在虫媒病原体诊断应用及其所面临的挑战与难题等方面进行系统论述。随着mNGS在检测流程、检测结果分析和解读等方面不断优化,将为临床感染病病原学诊断带来新的发展与革新。
简介:目的:通过宏基因组学方法研究健康志愿者口腔微生物群落,为慢性牙周炎治疗转归及预后提供生物学基础。方法:提取健康志愿者唾液样本及龈上、龈下菌斑样本的总DNA,构建基因文库,测序并分析结果(进行物种注释和相对丰度计算),获得样本微生物群落。结果:测序结果显示健康志愿者口腔唾液样本可获得15个微生物属,龈上菌斑样本中可获得19个微生物属,龈下菌斑样本中可获得20个微生物属,微生物群落存在多样性。健康志愿者龈上微生物样本组、龈下微生物样本组及唾液样本组间微生物门、属的平均相对丰度比差异有统计学意义(P<0.05)。结论:结合第二代高通量测序技术的宏基因组学方法能够较好地获得健康志愿者口腔样本中的微生物群落,并初步分析各样本组中的微生物群落结构。