摘要
摘要目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测，并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析，为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》，对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理，提取病毒RNA后，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序，编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别，再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列，Mega5.2软件构建基因进化树，分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本，两地皆以A组肠道病毒为主，B组肠道病毒有少量报告，CVA16居病原谱第一位。其中CVA2 5份，检出率为0.67%(5/749)，为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明，昆明市3株为基因型A，曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%，CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明，两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测，对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。
出版日期
2023年03月15日（中国期刊网平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
