简介：摘要目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测，并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析，为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》，对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理，提取病毒RNA后，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序，编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别，再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列，Mega5.2软件构建基因进化树，分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本，两地皆以A组肠道病毒为主，B组肠道病毒有少量报告，CVA16居病原谱第一位。其中CVA2 5份，检出率为0.67%(5/749)，为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明，昆明市3株为基因型A，曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%，CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明，两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测，对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。

简介：摘要目的了解2020年云南省曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原学分布并分析病原体的基因特征。方法采集曲靖市2020年儿童HFMD病例粪便标本，从便悬液中直接提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus，EV)VP4区基因并测序，序列在GenBank进行BLAST搜索确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1)进行病毒型别鉴定，按文献下载各病原体VP1区基因型/亚型代表株序列，用MEGA5.2软件构建基因进化树，分析各病原体的基因特征。结果2020年共从460份标本中检测到47株EV，总阳性检出率为10.22%(47/460)。检出的病毒依次为柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4, CVA4，0.65%，3/460)、CVA6 (7.83%，36/460)、CVA10(0.87%，4/460)和CVA16(0.87%，4/460)，全为A组病毒(enterovirus species A，EVA)，未检测到其他组病毒，其中CVA6检出36株，占7.83%，是检出最多的病毒。EVA71的检出率为零。基因特征分析表明，CVA4的C2、C4两个基因亚型同时在曲靖市流行，CVA6的D3a亚型、CVA16的B1a亚型也在曲靖市流行，而CVA10单独为一个进化分支，可能为曲靖市特有。结论与往年全国的情况一样，EVA71和CVA16的检出率少甚至为零，而CVA6检出率最高，说明2020年曲靖市发生了以CVA6为主的手足口病流行。CVA10基因进化分析表明，曲靖市分离株位于单独的进化分支，可能是曲靖市特有的分支。今后应加强非EVA71和非CVA16尤其是CVA6和CVA10等病毒的实验室和分子流行病学监测。

简介：摘要目的了解2020年文山州手足口病患儿病原学特征并对柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6，CVA6)和CVA16 VP1区基因特征进行分析。方法直接从2020年云南省手足口病实验室监测系统收集的文山州手足口病患儿粪便标本中提取病毒核酸，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus, EV)VP4/VP2结合区基因并进行测序，确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序，进行基因特征分析。按参考文献下载基因库中CVA6和CVA16 VP1区参考序列，用MEGA5.2软件构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。结果共从317份标本中检测到32株EV，1株星状病毒MLB1型(astrovirus MLB1)。病毒总体检出率为10.41%(33/317)，EV检出率为10.09%(32/317)，其中肠道病毒A组(enterovirus species A, EVA)31株，占EV阳性数的96.88%(31/32)，EVB组病毒1株，占3.12%(1/32)，未检测到EVC和EVD组病毒。EV中，检出率最高的病毒是CVA6，占62.50%(20/32)，其次是CVA16(18.75%，6/32)、CVA4(9.37%，3/32)、CVA10(3.12%，1/32)，未检测到EVA71病毒。基因进化分析表明20株CVA6为D3a亚型，并可分为3个进化分支。6株CVA16为B1a亚型，是中国一直流行的基因型，文山州6株B1a亚型可分为两个进化分支。结论2020年云南省文山州手足口病的病原检测率为10.41%，EV中CVA6是主要的流行毒株，其次是CVA16。基于VP1区基因特征分析表明，2020年文山州手足口病的主要病原是CVA6 D3a亚型，其次是CVA16 B1a亚型，未检测到EVA71。

简介：摘要目的了解2019年云南省曲靖地区手足口病（HFMD）病原学特征。方法采集曲靖地区2019年HFMD患儿的粪便样本，从粪便悬液中直接提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒（EV）VP4区基因并测序，序列在GenBank确定病毒型别，用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序，通过肠道病毒在线定型工具（Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1）进行病毒型别初步鉴定，之后计算与原型株的核苷酸相似性并进行基因进化树分析定型。结果470份样本中共检测到62株EV毒株，总阳性检出率为13.19%，其中EV-A组病毒42株（8.94%），EV-B组病毒9株（1.91%），EV-C组病毒11株（2.34%），全为脊灰病毒1型疫苗株（Sabin株），未检测到肠道病毒71型（EV-A71）和EV-D组病毒。检出率较高的病毒依次为柯萨奇病毒A10型（CV-A10，4.47%，21株）、柯萨奇病毒A16型（CV-A16，2.55%，12株）、脊髓灰质炎病毒1型疫苗株（2.34%，11株）和CV-A6（1.70%，8株）。结论2019年云南省曲靖地区儿童HFMD病例的主要病原是CV-A10、CV-A16和CV-A6，未检出EV-A71。与往年国内其他省份相比，曲靖地区2019年HFMD病原体已经发生改变，今后要加强对CV-A10、CV-A16和CV-A6等病原的实验室监测工作。

简介：摘要目的对2014—2018年云南省文山州手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例进行病原分析，并对其中分离的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6, CV-A6)进行分子流行病学分析。方法用RD细胞和Hep-2细胞从HFMD病例粪便标本中分离病毒，提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行RT-PCR和测序，确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增肠道病毒(enterovirus，EV)VP1区全序并测序；按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列，用MEGA5.2软件构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。结果5年间共从2 848份标本中分离到581株EV，病毒分离率为20.40%(581/2 848)。581株病毒中CV-A6 74份，占阳性总数的12.74%(74/581)，CV-A16 124份，占21.34%(124/581)，EV-A71 374份，占64.37%(374/581)。其他病毒9份，占1.55%(9/581)。用MEGA5.2软件对74株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915 bp)作基因进化树，排除序列完全一样的序列后共对22株具有代表性的CV-A6病毒和52株参考株序列共74株病毒作基因进化分析，文山州所有22株均为D3a亚型，其中21株为分支1(cluster 1), 1株为分支2(cluster 2)。结论2014—2018年云南省文山州HFMD流行以EV-A71(占64.37%)、CV-A16(占21.34%)和CV-A6(占12.74%)为主。基因特征分析表明，跟往年全国的情况一样，云南省文山州2014—2018年流行的CV-A6为D3a基因亚型，其中进化分支1(cluster 1)是主要的流行分支。

简介：摘要目的了解云南省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)监测中分离到的2株柯萨奇病毒A12型(Coxsackievirus A12, CV-A12)VP1区基因序列特征。方法对HFMD监测中获得的临床标本开展RD细胞上的病毒分离培养，通过荧光定量PCR和测序方法鉴定为CV-A12的毒株，进一步对其VP1区进行序列测定，并搜集GenBank中CV-A12其他型别的参考株，共同构建系统进化树，分析CV-A12的VP1区基因特征。结果获得2株CV-A12分离株的VP1区序列(888 bp)，与2018年的云南参考株毒株同源性最高，其VP1区氨基酸在多个位点上与其他云南参考株存在特异突变。结论云南省HFMD标本中发现的CV-A12已经发生地区特异性VP1基因变异。

简介：摘要目的了解2016—2018年昆明市手足口病病原构成情况，阐明昆明市流行的柯萨奇病毒A组6型（CV-A6）基因特征。方法对2016—2018年云南省手足口病实验室监测系统收集的昆明市手足口病患儿样本使用CV-A16和肠道病毒71型（EV-A71）+ EV通用型核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR检测，并对非EV-A71和非CV-A16阳性样本进行普通RT-PCR扩增得到VP1全长序列。用MEGA 5.2软件对本次研究分离到的昆明市CV-A6毒株序列与参考序列构建系统进化树，分析其分子流行病学特征。结果2016—2018年昆明市手足口病病原监测结果显示，昆明市实验室诊断手足口病共2 318例，其中，检出EV-A71阳性417例，CV-A16阳性883例，其他EV阳性1 018例。2016年的优势病原为CV-A16（50.26%），2017和2018年优势病原均为其他EV，分别占56.06%和54.03%。从其他EV共分离出CV-A6毒株57株，均属于国内流行的D3a亚型。结论2016—2018年引起昆明市儿童手足口病的主要病原体是CV-A16和其他EV，应加强常规监测中其他EV的监测，并关注CV-A6毒株的持续流行。