简介：目的：探讨1个遗传性血管性血友病（vonWillebranddisease,vWD）2N型家系的表型诊断和基因型分析结果,明确患者的发病机制。方法：对该家系的先证者和家系成员进行出血时间、活化部分凝血活酶时间、瑞斯托霉素诱导的血小板聚集（ristocetininducedplateletaggregation,RIPA）试验、血管性血友病因子（vonWillebrandfactor,vWF）瑞斯托霉素辅因子、vWF抗原、vWF活性测定、vWF胶原结合试验、凝血因子Ⅷ（coagulationfactorⅧ,FⅧ）活性、vWF与FⅧ结合试验检测,并作出表型诊断。提取先证者的外周血基因组DNA,用PCR法扩增VWF基因和F8基因的所有外显子及侧翼序列,通过直接测序分析VWF基因和F8基因变异。结果：vWD家系先证者的活化部分凝血活酶时间和出血时间明显延长,血浆瑞RIPA试验、vWF瑞斯托霉素辅因子、vWF抗原、vWF活性和vWF胶原结合试验检测结果均正常,FⅧ活性下降,vWF与FⅧ的结合能力降低。对先证者进行基因测序,发现其VWF基因19号外显子存在c.2446C〉T（p.Arg816Trp）错义突变,其儿子在该位点为杂合突变,而先证者及家系成员的F8基因未发现突变。结论：c.2446C〉T（p.Arg816Trp）错义突变是导致该家系先证者发生2N型遗传性vWD的原因。

简介：摘要目的明确导致猩红热的A族链球菌(GAS)流行型别，比较不同emm型别GAS的基因结构及基因变异性，阐明猩红热病原学的流行、进化规律。方法回顾性研究。收集2016年1月1日至2018年5月31日深圳市儿童医院诊断为猩红热的儿童咽拭子标本，保存GAS菌株，进行emm基因分型，选取在分型上具有代表性的菌株进行全基因组测序，通过比较基因组学分析，描述GAS菌株基因组多态性，并基于单核苷酸多态性(SNP)位点分析构建遗传进化树，阐明菌株之间的进化关系。2组比较采用秩和检验。结果在导致儿童猩红热的176株GAS分离株中，共检测到8种emm型别，emm12.0及其亚型(108/176株，61.4%)占比最高，其次为emm1.0及其亚型(53/176株，30.1%)，两者共占91.5%。以GCA-900984775为参考序列进行比较基因组分析显示，GAS菌株基因组之间存在丰富的SNP和插入或缺失(InDel)多态性，emm12.0型菌株SNP数[183(163，213)个]大于emm1.0型菌株SNP数[63(54，75)个]，差异有统计学意义(P<0.05)；InDel分析中，emm12.0型菌株基因序列插入数[4(3，6)个]和缺失数[8(6，10)个]大于emm1.0型菌株[1(0，2)个，5(3，7)个]。以MGAS5005参考序列，基于SNP的分析结果构建进化树得出18株菌株及参考菌株处于2个分支。结论引起儿童猩红热的GAS菌株型别以emm12.0型、emm 1.0型多见，不同型别菌株基因组组成之间存在差异，emm12.0型菌株存在较高的遗传多样性。

简介：摘要目的研究甲氨蝶呤、来氟米特的药物相关基因多态性在RA患者中的基因型分布。方法统计分析2018年12月至2019年5月在光华医院检测甲氨蝶呤与来氟米特药物相关基因（MTHFR677C/T、MTHFR1298A/C、ABCB13435T/C、DHODH19C/A和CYP1A2734C/A）RA患者基因分型结果及药物不良反应发生情况。使用Hardy-Weinberg检验等位基因分布的独立性；各基因基因型、等位基因频率等计数资料采用χ2检验进行分析；计量资料以±s表示。使用Cytoscape软件对患者不良反应发生情况与基因型进行关联构网分析。结果151例患者中基因型分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡（P>0.05），各基因的基因型及等位基因分布性别差异无统计学意义（P>0.05）。结果显示，对甲氨蝶呤应答好，中等耐药基因型（MTHFR677CC/MTHFR1298AA/ABCB13435CT）（16例，占13.5%）和对来氟米特应答好，不良反应风险中等基因型（DHODH19CC/CYP1A2734AC）（25例，占28.4%）在RA患者中比例最高。根据等位基因分布频率预测甲氨蝶呤与来氟米特联用导致高毒副作用的发生率为2.9%，与实际出现患者基因型所占比例1.8%相近。对患者临床不良反应发生种类及比例进行回顾分析并与基因型分析结果进行关联构网分析，发现不良反应发生频率从高到底依次为肝损伤（35例，35.4%）、白细胞减少（14例，14.1%）、血小板减少（2例，2.0%）、口腔溃疡（2例，2.0%）、皮疹（1例，1.0%）；发生不良反应频率处前2位的基因型分别为MTHFR677CT/MTHFR1298AA/ABCB13435CT、DHODH19CA/CYP1A2734AC，验证RA患者药物相关基因型与其临床表现具有一致性。结论RA患者基因型与药物的疗效和不良反应发生密切相关。2.9%的RA患者可能会因甲氨蝶呤耐药、应答差，联用来氟米特后毒副反应增高而停药，其中引起肝损伤比例最高，需引起重视。

简介：水稻粒形相关基因,对于调控作物产量和品质都具有十分重要的作用,但关于其进化缺少一个系统的、全基因组尺度的比较基因组学分析。研究以已鉴定的水稻粒形相关基因为目标序列,在8个禾本科植物中进行比较基因组学分析,旨在全基因组范围揭示不同粒形基因在多个禾本科作物种系中的进化规律。基于同源比对分析发现,不同基因组中粒形相关基因数量不具有明显差异,平均每个基因组中粒长和粒宽相关的基因分别有364和75,其中较多的是谷子,有423粒长、71粒宽调控基因。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍和串联重复对于家族基因拷贝数增加具有重要贡献,但是重复基因丢失可能维持了基因数量的稳定。通过粒形基因中旁系同源基因对间的同义核苷酸置换率（Ks）比较,揭示不同的粒形基因具有不同的进化速率,进化最快的是粒长调控相关基因An-1。本研究为认识水稻粒形调控相关基因进化提供了重要的理论基础,对于禾本科粒形相关基因从全局尺度到单基因的进化具有极为重要的意义。

简介：摘要目的探讨2015—2019年青岛市女性人乳头瘤病毒(human papillomavirus, HPV)感染情况及基因型分布特点，为青岛女性HPV感染宫颈癌的防治提供科学支持。方法收集2015年1月至2019年10月期间在青岛大学附属医院体检的26 396例女性宫颈脱落细胞标本，采用PCR体外扩增-DNA反向点杂交方法检测HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66、68、73、82共17种高危亚型和HPV6、11、42、43、81、83共6种低危亚型，分析HPV感染率以及年份分布、基因型分布、年龄分布特征等。结果HPV总感染率为18.17%(4795/26396)，不同基因亚型单一感染、双重感染、多重感染的感染率分别为13.41%、3.40%、1.35%。7种HPV高危亚型(HPV52、16、58、53、56、51、68)和3种HPV低危亚型(HPV81、42、43)感染率超过1%。不同年龄组HPV感染率差异有统计学意义，HPV感染率呈双峰型，在≤25岁组和46～50岁组有2个高点，分别为23.61%和19.63%。各年龄组感染者中基因型分布差异无统计学意义。结论青岛地区女性HPV感染率处于中等水平，不同基因型和年龄组均以单一感染为主。除疫苗覆盖亚型外，本地区其他亚型如HPV53、56、51、68型感染率也较高，因此，接种疫苗后仍需定期HPV筛查以发现疫苗未覆盖HPV基因型感染，建议优化HPV疫苗基因亚型以预防HPV感染宫颈癌的发生。

简介：摘要直接抗病毒药物在大部分丙型肝炎(丙肝)患者，包括很多既往难治患者中均可达到较高的治愈率，使得丙肝消除成为可能。我国丙肝高危人群患病率远高于一般人群，因此针对不同高危人群特点制定消除计划的微消除策略或为更加实际可行的方式。目前在我国，部分高危或特殊人群的丙肝筛查已在临床受到重视，如透析患者、孕期妇女、乙型肝炎患者或人类免疫缺陷病毒感染者，但仍有其他丙肝高危人群因分布零散、首诊于非感染科且接诊医护人员对丙肝认识不足、或者属于社会边缘群体等原因而无法被常规筛查体系所识别，成为丙肝消除的盲点及难点。本文意在探讨这类特殊人群诊疗面临的挑战，以期为公共卫生工作者和临床医师，特别是非感染/肝病科医师开展丙肝筛查及诊疗工作提供参考。

简介：摘要直接抗病毒药物在大部分丙型肝炎(丙肝)患者，包括很多既往难治患者中均可达到较高的治愈率，使得丙肝消除成为可能。我国丙肝高危人群患病率远高于一般人群，因此针对不同高危人群特点制定消除计划的微消除策略或为更加实际可行的方式。目前在我国，部分高危或特殊人群的丙肝筛查已在临床受到重视，如透析患者、孕期妇女、乙型肝炎患者或人类免疫缺陷病毒感染者，但仍有其他丙肝高危人群因分布零散、首诊于非感染科且接诊医护人员对丙肝认识不足、或者属于社会边缘群体等原因而无法被常规筛查体系所识别，成为丙肝消除的盲点及难点。本文意在探讨这类特殊人群诊疗面临的挑战，以期为公共卫生工作者和临床医师，特别是非感染/肝病科医师开展丙肝筛查及诊疗工作提供参考。

简介：摘要目的对1个泛酸激酶相关神经变性病(pantothenate kinase-associated neurodegeneration，PKAN)家系进行致病性变异鉴定并对已发表的文献进行综述，为以后临床诊断、产前诊断和遗传咨询提供理论依据。方法抽取家系成员的外周血提取基因组DNA，用PCR扩增PANK2基因并进行Sanger测序。根据ACMG/AMP指南对新变异进行致病性分析。同时通过数据库查询已发表的病例并对其进行综述。结果在先证者中发现2个可能的变异，其中c.1355A>G(p.D452G)来自先证者的母亲，为已知的致病性的变异，c.833G>A(p.R278H)来自先证者的父亲，为新变异，根据ACMG/AMP国际遗传变异分类标准与指南将其定义为可能致病性的变异。通过查询数据库回顾了80篇文献中的263个患者，详细总结了临床表型和变异位点，对基因型和表型的相关性进行分析，发现肌张力障碍是PKAN最常见的表型，142个致病性的变异位点中最常见的变异为c.1583C>T(p.T528M)(43/526)。值得注意的是目前报道的变异位点随机分布在PANK2基因的c.390C之后，但在c.390C之前未报道任何致病性的变异。结论c. 833G>A(p.R278H)是引发PKAN的新的可能致病性变异。已发表病例的总结能够为今后相关患者的临床诊断、遗传学诊断及生育指导提供重要依据。

简介：目的了解拉米夫定耐药株感染者HBV基因型特征并分析耐药株HBV逆转录酶（RT）区变异位点和变异类型。方法应用PCR扩增和直接测序HBV逆转录酶区并与Genebank中90株不同基因型野毒株序列进行比较，确定54例耐药株感染者HBV基因型和HBVRT核苷酸的变异特点。结果在54例拉米夫定耐药株感染者中，HBVB基因型占27．78％，C型占70．37％，B／C混合型占1．85％；51例患者出现RT保守区氨基酸变异（包括550和526位氨基酸变异）；18例患者出现除主型区外HBVRT非主型区伴随变异；3例患者未检测到与拉米夫定相关性变异。结论拉米夫定耐药株感染者HBV基因型主要为B型和C型；拉米夫定耐药株的氨基酸变异不仅见于RT区的526和550两个位点，其他位点以及RT非保守区也可发生变异。

简介：摘要目的分析云南省异常血红蛋白E(hemoglobin E，Hb E)杂合子及Hb E合并地中海贫血(简称地贫)病例的血液学表型和基因型特征。方法对100例高效液相色谱分析提示为Hb E异常血红蛋白携带病例进行血细胞分析，并用Gap-PCR和PCR-寡核苷酸探针反向斑点杂交法检测α-和β-珠蛋白基因常见突变类型。结果100例疑似Hb E携带的病例，经基因诊断全部检出β-珠蛋白链CD26突变(HBB：c.79G>A)，其中Hb E杂合子90例，Hb E合并αα/-α3.7突变7例，Hb E合并αα/--SEA突变2例，1例为Hb E合并-α3.7/-α3.7。Hb E杂合子血液学表型分析结果：Hb A2(26.02±3.64) %，Hb F (1.35±1.25)%，平均红细胞体积(78.83±4.68) fl，平均红细胞血红蛋白含量(26±1.54) pg，平均血红蛋白浓度(329.65±10.73) g/L，血红蛋白(141.08±16.53) g/L；Hb E复合α地贫时，α地贫基因的突变类型不同，血液学表型结果不同。结论云南省Hb E及Hb E合并α地贫的发生率较高，高效液相色谱能够有效检出Hb E，Hb E合并其它α地贫基因突变时，有较大差异的表型变化；仅依靠血液学结果进行产前筛查会造成Hb E漏诊。

简介：摘要目的了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份，提取病毒RNA，采用巢式PCR扩增gag、pol和env区基因片段，进行基因分型和耐药分析，通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。结果193份样品中发现多个HIV-1基因型，包括CRF07_BC（39.4%，76/193）、CRF01_AE（34.2%，66/193）、独特型重组（20.2%，39/193）、CRF08_BC（3.1%，6/193）、CRF55_01B（1.6%，3/193）、B亚型（1.0%，2/193）和CRF68_01B（0.5%，1/193）。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播，而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%（5/190），对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高（2.1%，4/190）。结论昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低，但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。

简介：摘要目的研究宁夏地区1个常染色体显性遗传视网膜色素变性(adRP)5代家系患者的致病基因突变及临床表型特征。方法家系调查研究。收集1个adRP家系患者及其家系成员病史资料，进行详细的眼科检查，抽取3例患者和1名正常家系成员及300名正常对照者外周静脉血，提取DNA，运用全外显子测序(WES)芯片进行检测，对检测结果进行生物信息学分析，运用PCR和直接测序在家庭成员和正常对照组中进行验证，最终确定致病性突变位点，并对临床表型和基因型间的关系进行分析。结果通过WES技术和优化的生物信息学分析技术证实，PRPF31基因的c.C1048T(p.Q350X)无义突变为该家系的致病基因突变。该家系患者的主要临床特征为5～6岁发病，均以夜盲为首发症状；病情进展较为迅速，视功能均严重受损，同时合并后囊下白内障，眼底和视网膜电图(ERG)均呈现典型的RP改变。结论PRPF31基因的c.C1048T(p.Q350X)无义突变为该家系的致病基因突变，该突变在中国人群中首次报道，该突变可引起的临床表型包括发病年龄早、病情进展较为迅速、合并后囊下白内障及视功能严重受损等。

简介：2015年7月24日（FDA新闻发布）一美国FDA批准Technivie（ombitasvir、paritaprevir和利托那韦）与利巴韦林联合用于治疗基因型4丙型肝炎（HCV）感染无瘢痕和肝硬化的患者。美国丙型肝炎病毒感染者约为270万，其中病毒基因型4最为少见。Technivie是首个与利巴韦林联合在无需使用干扰素情况下用于治疗基因型4HCV感染安全有效的药物。

简介：摘要目的人鼻病毒（human rhinovirus，HRV）是导致呼吸道感染的主要病原体之一。本研究分析急性下呼吸道感染病例样本中鼻病毒分离株基因型特征。方法急性下呼吸道感染病例肺泡灌洗液用核酸检测方法确定150例HRV阳性，样本接种H1-HeLa细胞，观察细胞病变，病毒纯化后用深度测序方法分析全基因组序列特征，用中和试验方法分析感染病例恢复期血清中和抗体水平。结果从21例病例样本中分离获得HRV病毒株。全基因组序列分析鉴定其为15个基因型，与参比株序列比较功能基因氨基酸具有多样性。3例HRV阳性病例恢复期血清中和抗体效价有4倍增高。结论成功分离获得HRV毒株，为进一步阐释鼻病毒在重症呼吸道感染的基础研究提供可用资源。

简介：摘要目的探讨1例X连锁少汗性外胚层发育不良(X-linked hypohidrotic ectodermal dysplasia，XLHED)患儿基因型与表型的对应关系。方法收集1例XLHED患儿及其父母的临床资料，同时采集他们和100名无亲缘关系的健康对照的外周血标本，提取DNA。应用二代皮肤靶向测序包检测基因变异，再用Sanger测序验证。在数据库中搜索有关中国XLHED患者基因检测方面的所有文献，统计分析文献中患者基因型、表型及两者间的相关性。结果在XLHED患儿EDA基因检测到1个新的杂合移码变异c.655_689del，而其父母和无亲缘关系的100名健康对照中均未发现该变异。共搜索到有关中国XLHED患者EDA基因检测方面的文献57篇，发现EDA基因变异位点61个，推测基因型与表型间存在一定的对应关系。结论在XLHED患者中检测到1个新的EDA变异位点c.655_689del，扩展了EDA的基因变异谱，同时丰富了XLHED的基因型、表型及两者间关系的资料。

简介：摘要目的通过对两对患1型神经纤维瘤（neurofibromatosis type 1，NF1）的同卵双胞胎进行全基因组测序分析对比儿童先天性骨假关节（congenital pseudarthrosis，CP）表型和非CP表型患儿的分子特征，鉴定CP患儿的致病变异，并对相关表型和1型神经纤维瘤致病基因NF1变异进行特征描述。方法根据胫骨假关节诊断标准和NF1临床诊断标准，纳入两对均患有NF1的同卵双胞胎，均为女性，且每对双胞胎中均仅1人有CP表型。对两对同卵双胞胎的外周血提取DNA进行全基因组测序，运用生物信息学方法分析单核苷酸变异（single nucleotide variant，SNV）、短插入缺失变异（short insertion deletion variants，InDel）、拷贝数变异（copy number variant，CNV）和结构变异（structural variant，SV），鉴定出涉及NF1基因的致病变异及CP患者特有的胚系致病变异；对鉴定出的致病变异在双胞胎及父母中进行一代测序验证。结果两对NF1型同卵双胞胎中均鉴定到NF1基因的致病胚系变异，分别为：c.3047_3048del（p.Cys1016SerfsTer4）和c.4267A>G（p.Lys1423Glu）杂合变异；经过家系4人的一代测序验证，表明均为新发变异。除NF1基因外，在CP患儿特有而未患CP的同胞姐妹没有的变异中，未鉴定到其他致病或可能致病的SNV/InDel、结构变异或CNV变异。进一步比较两对双胞胎中CP患儿特有的评级为意义不明的低频有害错义变异和功能缺失型SNV和InDels变异，发现这些变异共同影响的基因有1 802个，无共同基因存在编码区的变异；评级为意义不明的结构变异或CNV变异所在的基因无交集，即无共同变异基因。结论全基因组测序分析揭示两对患有NF1同卵双胞胎均鉴定到了1型神经纤维瘤致病基因NF1的致病变异，未鉴定到双胞胎中CP患者特有的其他致病变异，且两个CP患者中未检测到其他的共同基因包含可能致病的变异。

简介：摘要目的分析氯吡格雷抵抗与冠心病合并高血压患者CYP2C19多态性及不同基因型的关系。方法抽取山西省心血管病医院2018年1月至2019年1月收治的100例冠心病患者为研究对象，根据是否合并高血压分为合并高血压组(n＝54)与不合并高血压组(n＝46)。纳入患者入院后均给予100 mg阿司匹林及75 mg氯吡格雷治疗。采集患者静脉血标本，采用基因芯片法测定患者CYP2C19基因型，记录、分析患者入院后第1天及服药治疗5 d后的血小板聚集率，观察、记录两组CYP2C19基因的分布情况及氯吡格雷抵抗情况，并进行比较。结果合并高血压组氯吡格雷CYP2C19代谢基因型与不合并高血压组氯吡格雷CYP2C19代谢基因型比较差异未见统计学意义(P>0.05)。两组氯吡格雷抵抗发生情况比较差异也未见统计学差异(P>0.05)。快代谢基因型患者氯吡格雷抵抗发生率(29.41%，10/34)低于慢代谢基因型(72.73%，16/22)及中代谢基因型患者(68.18%，30/44)，差异有统计学意义(P<0.05)。Logistic多元回归分析结果提示，CYP2C19基因型为氯吡格雷抵抗发生的独立预测因子(P＝0.006)。结论冠心病患者CYP2C19基因多态性、氯吡格雷抵抗与患者是否合并高血压并无关系，但氯吡格雷抵抗与患者的CYP2C19基因多态性存在一定关系。

简介：目的研究家族性肥厚型心肌病（HCM）致病基因突变位点，分析基因型与临床表型的联系。方法利用靶向捕获加二代测序，对1个HCM家系的先证者进行26个致病基因的筛查。二代测序发现的突变，利用双脱氧末端终止法测序进行验证，并对家族中其他成员进行该突变位点的筛查，并分析其临床表型特点。结果遗传筛查发现先证者携带β肌球蛋白重链基因（MYH7）．c．1172A〉C（Asn391Thr）突变，该突变位于MYH7基因第12号外显子，导致β肌球蛋白重链的第391位氨基酸残基由天冬酰胺变为苏氨酸。该家系中接受调查的22例对象中8例携带MYH7基因Asn391Thr突变，其中6例患者均携带该突变，突变与疾病呈共分离，且在307名对照者中没有检出。携带者中有3例出现呼吸困难、心悸、胸痛、黑噱等心功能不全表现，所有患者发病年龄均小于40岁，其中Ⅱ9小于8岁（见图1）。家系中有4人早逝（〈50岁），其中3人确诊为HCM。结论MYH7基因Asn391Thr错义突变为HCM的一个恶性致病突变，携带该突变的患者应进行较积极的治疗和猝死预防。

简介：摘要：RNAi技术是研究基因功能的常用方法。本研究从水稻幼苗叶片中提取RNA，通过反转录生成cDNA。根据NCBI数据库公布的水稻OsRHP1基因设计引物，通过中间载体pSKint不同的酶切位点，获得反向重复序列的干扰片段。以pHB为过表达载体，将干扰片段和过表达载体通过双酶切连接最终得到RNAi干扰载体。通过双酶切和琼脂糖凝胶电泳对重组的质粒进行鉴定从而判断水稻的OsRHP1RNAi载体是否构建成功，为进一步研究该基因的功能奠定基础。

简介：水稻是一种对盐浓度中度敏感的作物，耐盐性状是受多基因控制的数量性状，易受环境条件等影响，目前定位的耐盐QTL主要为苗期耐盐相关的，其中以第1、2、6和7染色体上居多。耐盐品种的选育方法主要为系统选育法，将杂交选育和胁迫组织培养、转基因等生物技术相结合，选育耐盐性强且品质优良的品种。本文阐述了国内外开展的关于水稻耐盐基因遗传及耐盐育种研究动态，并对今后耐盐育种的工作提出了展望。