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  • 简介:摘要:单核苷多态性(SNPs)主要指基因组DNA中特定核苷位置的改变,如转换、颠换、插入或缺失。序列多态性。与其他遗传标记如限制性片段长度多态性(RFLP)和微卫星标记(STRS)相比,SNP标记有两个显著的特点。SNP是基因组中的双等位基因,其等位基因频率在任何人群中都可以准确估计,便于高通量批量检测。SNPs在基因组中分布广泛,具有最丰富的遗传多样性,并且许多SNPs与生物性状的变异有关,因此它们是研究遗传变异的候选基因或位点。因此,SNP的研究有助于解释不同个体间表型性状的差异,以及不同群体和个体对疾病和环境因素反应的差异。

  • 标签: 单核苷酸多态性 检测方法 动物 分子标记辅助育种 品种鉴定 疾病研究
  • 简介:    摘要:单核苷多态性(SNPs)主要指基因组DNA中特定核苷位置的改变,如转换、颠换、插入或缺失。序列多态性。与其他遗传标记如限制性片段长度多态性(RFLP)和微卫星标记(STRS)相比,SNP标记有两个显著的特点。SNP是基因组中的双等位基因,其等位基因频率在任何人群中都可以准确估计,便于高通量批量检测。SNPs在基因组中分布广泛,具有最丰富的遗传多样性,并且许多SNPs与生物性状的变异有关,因此它们是研究遗传变异的候选基因或位点。因此,SNP的研究有助于解释不同个体间表型性状的差异,以及不同群体和个体对疾病和环境因素反应的差异。

  • 标签: 单核苷酸多态性 检测方法 分子标记辅助育种 品种鉴定
  • 简介:摘要目的探讨高通量透析与普通透析对尿毒症患者的透析效果。方法将本院50位维持性血液透析患者分为两组,分别为普通透析组(使用普通透析器者,如金宝公司生产的POIY14L,17L)和高通量透析组(同一个病人使用高通量透析器者,如费生尤斯生产的FX60,80,)。测定和比较透析前后两组透析患者的BUN,SCr,iPTH,β2-MG和血磷等指标。结果两组透析患者在清除血肌酐,尿素氮等小分子物质时,无显著差异(P>0.05)。但在清除β2-MG等中大分子,血磷方面,高通量透析组明显高于普通透析组(P<0.05)。结论高通量血液透析能清除较大分子的毒素,有利与改善钙磷代谢紊乱,减轻皮肤瘙痒,降低继发性甲状旁腺亢进等并发症,高通量血液透析优于普通血液透析,方便经济,治疗效果好,适合广大透析患者。

  • 标签: 普通透析 高通量透析 &beta 2-MG
  • 简介:摘要目的探讨遗传代谢相关婴儿胆汁淤积性肝病(ICH)的临床特征及基因特点,为指导该类疾病的诊断及治疗提供依据。方法回顾性分析2014年1月至2019年12月于首都儿科研究所附属儿童医院消化内科诊断为ICH的住院患儿80例的临床资料,并随访患儿出院后的临床转归。80例患儿中,女27例,男53例;发病年龄(39±18) d。通过高通量基因测序明确病因的患儿为遗传代谢组(44例),未能明确病因的36例特发性婴儿肝内胆汁淤积症(INC)患儿为INC组。采用t检验或独立样本秩和检验比较实验室检查结果和生化指标;采用χ2检验比较巨细胞病毒感染率。结果1.共纳入80例,通过高通量测序明确诊断44例,阳性率为55.0%,其中希特林蛋白缺陷病(CD)23例,Alagille综合征(ALGS)10例,进行性家族性肝内胆汁淤积症(PFIC) 6例,先天性胆汁合成障碍2例,尼曼匹克病2例,囊性纤维化1例。2.遗传代谢组血清总胆汁水平[180.6(115.5,271.6) μmol/L]、活化部分凝血酶原时间[40.6(37.1,45.2) s]较INC组[123.3(98.8,163.4) μmol/L、34.8(31.7,40.1) s]明显升高,差异均有统计学意义(均P<0.05)。2组巨细胞病毒感染率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。3.遗传代谢组的肝组织病理异常较INC组重,可见点灶样、融合灶样坏死,且5例(4例ALGS、1例CD)汇管区小胆管数量减少,管腔狭窄。结论遗传代谢相关ICH常见的病因为CD、ALGS、PFIC。对于存在巨细胞病毒感染患儿,亦应继续积极完善检查,明确胆汁淤积病因。高通量测序对不明原因ICH的早期诊断有重要意义。

  • 标签: 胆汁淤积性肝病,婴儿 基因测序,高通量 希特林蛋白缺陷病 进行性家族性肝内胆汁淤积症2型 Alagille综合征
  • 简介:摘要目的评估全球范围内大规模高通量测序技术的应用对临床病毒学的定量影响。方法分别收集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)2000—2018年如下记录:每年新增全基因组病毒记录数量;每年新增病毒发现文章数量;每年新增病毒准种文章数量;每年新增病毒感染基因标志物文章数量。然后应用中断时间序列法分析上述记录的变化趋势。结果自2008年全球测序中心开始从Sanger法转向使用高通量测序技术以来,各记录每年新增数量分别是使用之前的3.755倍,2.760倍,6.195倍以及3.885倍。各记录长期变化趋势如下:全基因组病毒记录数量每年新增1639.991条(P<0.001);病毒发现文章数量每年新增83.091篇(P<0.001);病毒准种文章数量每年新增2.509篇(P< 0.001);病毒感染基因标志物基因感染签名文章每年新增30.836篇(P<0.001)。结论2008年全球测序中心开始应用高通量测序技术,测序成本不断降低,使得高通量测序技术在临床病毒学的应用中日益丰富,对临床病毒学的发展产生了积极深远的影响。

  • 标签: 中断时间序列设计 项目评价 高通量测序 临床病毒学
  • 简介:摘要婴幼儿患广州管圆线虫嗜酸性脑膜脑炎(AEM)虽然罕见,但能造成严重后果,通过对2019年深圳市儿童医院神经内科收治的2例AEM患儿(<2岁)进行病例分析,探讨高通量测序对AEM的诊断价值。例1主要表现为间断发热、呕吐、精神差、前囟隆起。例2主要表现为间断发热、咳嗽、呕吐、抽搐。结合患儿外周血及脑脊液嗜酸性粒细胞增多,以及广州管圆线虫高通量测序及抗体检测阳性,最终确诊AEM。予阿苯达唑驱虫、小剂量泼尼松预防炎症反应后病情好转。婴幼儿AEM的临床特征不典型,高通量测序技术可协助诊断AEM。

  • 标签: 广州管圆线虫嗜酸性脑膜脑炎 高通量测序技术 诊断 儿童
  • 简介:目的初步探讨NICU早产儿出生后肠道菌群变化特征及其与败血症的关系。方法以复旦大学附属儿科医院NICU住院的早产儿为研究对象,于出生后第1天采集胎粪,之后于每周龄时或评估败血症时采集粪便样本,直至出院或生后8周。采用Illumina高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16SrRNA-V3区进行DNA测序,应用MG-RASTV3.3.6分析和统计样品序列数目、操作分类单元(OTU)数量,分析肠道菌群物种丰度和分布,并进行聚类分析。结果3例早产儿共采集生后1、7、14和21d的12份粪便样本,其中5份样本PCR扩增失败,7份样本(例1生后14、21d;例2生后7、21d;例3生后7、14、21d)DNA测序成功进入分析。3例早产儿平均胎龄为(31.3±0.8)周,平均出生体重为(1540±144)g。3例均生后应用抗生素,其中例1母亲有产前抗生素暴露史;例2在住院过程中发生全身炎症反应综合征。17份样本稀疏曲线表明测序深度充分。物种多样性分析显示OTU值为381~608,微生物丰度较高,且与日龄呈正相关,其中例2生后7d样本肠道菌群多样性最低;27份样本共检测到18个菌门,均以放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为优势菌门;变形菌门在例1生后14和21d样本分别占97.52%和49.11%,放线菌门在例2生后7d样本占99.46%;3共检测到172个科,其中63科为7份样本共有;相对丰度≥1%的科共检测到10个,例2生后7d样本棒状杆菌科占97.90%,21d样本中葡萄球菌科占27.16%;4聚类分析显示,同一研究对象不同时点肠道微生物相似性较高。结论早产儿产前抗生素暴露及出生后早期抗生素暴露可能会显著降低肠道微生物的多样性,影响正常菌群的定植。发展为败血症的早产儿生后肠道微生物多样性较低,以致病菌占优势的肠道微生物区可能与败血症的发生相关。

  • 标签: 早产儿 肠道菌群 败血症 高通量测序
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  • 简介:目的探讨孕妇血浆中游离胎儿DNA高通量基因测序技术(NIPT)在常州地区产前筛查中的临床应用经验总结及推广。方法选择2012年10月至2016年3月在常州市妇幼保健院产前诊断中心就诊的6505例单胎孕妇在知情同意的情况下抽取孕妇外周血10ml,4小时内分离血浆中游离DNA建立文库,采用IlluminaNextseqCN500测序平台对其进行测序分析,对测序结果进行生物信息分析,提示染色体异常患者再行羊膜腔穿刺,羊水细胞培养后染色体G显带核型分析。对确诊患者建议终止妊娠。结果6505例检测样本中NIPT结果提示有97例胎儿染色体异常,其中81例孕妇自愿接受羊水穿刺。(1)胎儿常染色体非整倍体49例(T2143例,T185例,T131例),羊水培养核型分析后发现:T21阳性预测值达95.1%,T184例确诊(4/5),T131例确诊(1/1);(2)32例性染色体非整倍体异常,其阳性预测值达53.1%,包括:14例45,XO高风险中仅确诊4例,假阳性10例;12例47,XXY高风险,进一步确诊发现8例,4例假阳性;最后确诊2例47,XXX和2例47,XXY。结论NIPT技术在唐氏综合征筛查上准确性高、假阳性率低;T18,T13样本少无统计学上意义。在性染色体数目筛查方面,结果准确性偏低,特别体现在Turner综合征,故对45,XO筛查结果在遗传咨询须谨慎处理。

  • 标签: 唐氏综合征 无创性产前诊断(NIPT) 胎儿游离DNA 性染色体异常 产前诊断
  • 简介:目的探讨高通量基因测序产前筛查与诊断技术(简称无创DNA产前检测技术)在高龄孕妇中的临床应用价值。方法通过对高龄孕妇直接行羊水诊断与间接行羊水诊断(行无创DNA产前检测阳性者再行羊水诊断),比较两组间胎儿常见染色体异常的检出率。结果239例高龄孕妇先进行无创DNA产前检测,阳性3例,羊水诊断确诊3例,检出率1.26%;364例高龄孕妇直接行羊水诊断发现染色体异常4例,检出率1.10%。两组间比较差异无统计学意义(P〉0.05)。结论无创DNA检测技术安全可靠,较易为孕妇所接受,为拒绝羊膜腔穿刺手术或存在羊水诊断禁忌证的高龄孕妇提供了新的产前诊断方法,具有很好的临床应用价值。

  • 标签: 无创DNA产前检测 羊水诊断 高龄孕妇 常见染色体非整倍体异常
  • 简介:摘要物质成瘾是严重危害人类健康的重要因素之一,目前临床上仍然缺乏有效的治疗药物。研究物质成瘾的机制,寻找新的治疗靶点,研发有效的治疗药物是急需解决的重要课题。超极化激活的环核苷门控阳离子通道(hyperpolarization-activated cyclic nucleotide gated cation channels,HCN)参与了许多大脑高级活动,与多种脑疾病的发生发展密切相关,其中HCN通道在物质成瘾中的作用及机制研究正逐步得到重视。近年来,关于物质成瘾的研究证实:在多种精神活性物质成瘾的情况下,多个脑区的HCN通道功能或表达出现异常,但至今尚未能全面了解其机制以及这种变化导致的行为学后果。因此,本文综述HCN通道在成瘾性精神活性物质(如阿片类、可卡因类、大麻类、苯丙胺类、酒精和烟草)成瘾中的神经生物学机制,以期为物质成瘾的机制研究和治疗提供新思路。

  • 标签: 物质成瘾 超极化激活的环核苷酸门控阳离子通道 神经元兴奋性
  • 简介:摘要目的探讨MEIS1、BTBD9、MAP2K5、PTPRD等基因单核苷多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与不宁腿综合征(restless legs syndrome,RLS)的相关性。方法通过检索2021年3月1日以前国内外公开发表的文献,收集与RLS相关的风险基因的病例对照研究,应用Review Manager 5.3及Stata 15.1软件进行统计分析。结果共纳入8篇研究,累计病例数7 824例,对照数14 645例。Meta分析结果显示,与RLS相关的风险基因SNPs位点为:MEIS1 rs2300478(OR=1.68,95%CI:1.59~1.78)、BTBD9 rs9296249(OR=1.62,95%CI:1.47~1.77)、BTBD9 rs9357271(OR=1.49,95%CI:1.44~1.55)、MAP2K5 rs12593813(OR=1.44,95%CI:1.36~1.53)、MAP2K5 rs11635424(OR=1.47,95%CI:1.34~1.60)及PTPRD rs1975197(OR=1.34,95%CI:1.21~1.49)。结论MEIS1 rs2300478、BTBD9 rs9296249、BTBD9 rs9357271、MAP2K5 rs12593813、MAP2K5 rs11635424、PTPRD rs1975197为RLS患病的风险基因位点。

  • 标签: 不宁腿综合征 风险基因 单核苷酸多态性 病例对照研究 Meta分析
  • 简介:摘要遗传性视网膜变性在临床上缺乏有效的治疗手段,基因治疗有望从根本上恢复遗传物质的功能,为其提供新的治疗策略。反义寡核苷(AON)是一种小分子核酸类药物,可以通过碱基互补配对原则与信使RNA特异性结合,从而在转录和翻译水平干扰或恢复基因表达。AON具有特异性高、微量高效、靶向范围广、免疫原性低、毒性及不良反应小等优势,成为遗传性眼病治疗新手段。目前,已有3种不同的AON药物进入了遗传性视网膜变性疾病的临床试验阶段。本文就近年来AON在其化学结构修饰、特性和作用机制等方面的进展及其目前在不同遗传性视网膜变性疾病中应用的治疗策略进行综述。

  • 标签: 反义寡核苷酸 基因治疗 视网膜变性,遗传性
  • 简介:本研究探讨HLA新的等位基因HLA-B*4061的分子基础。采用盐析法抽提样本DNA,利用PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第1-8外显子,PCR产物直接经TOPO克隆到质粒载体中得到单链,对所得克隆进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析。应用PCR-SSP方法证实测序所发现的突变。结果表明:先证者样本克隆测序得到2个等位基因,其中1个等位基因为B+4601,另1个经blast验证其为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(DQ089628,DQ089629,DQ089630)。与最接近的B*400101等位基因序列相比,新的等位基因仅在第2外显子上有1个核苷不同,即第272位C→A,导致第67位氨基Ser→Tyr。结论:HLA-B*4061等位基因为新的HLA-B等位基因,已荣获世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名。

  • 标签: HLA-B HLA-B*4061 等位基因 序列分析
  • 简介:摘要目的探讨乙型肝炎大、小三阳患者中血清5′-核苷酶酶活性(5′-NT)的相关性。方法用酶联免疫吸附试验(ELISA)确定乙肝大、小三阳模式,并进行血清5′-NT(5′-核苷酶)酶活性(酶活性在AU2700生化分析仪检测)检测分析。结果大三阳模式中136例有81例5′-NT酶活性↑,阳性率为59.6%;小三阳模式中159例,5′-NT酶活性↑62例,阳性率为39.0%。结论5′-核苷酶在乙型肝炎大、小三阳患者中可作为有价值的诊断指标之一。

  • 标签: 乙型肝炎 大三阳 小三阳 5&prime -核苷酸酶
  • 简介:由山东双凤股份有限公司投资6500万元、采用自主知识产权的生物酶技术和分离纯化技术建设的100t/a高纯度单体核苷(一期)项目进展顺利,有望年底前建成投产。届时,我国核苷行业将彻底打破国外技术垄断,实现自主产业化生产,改写产品长期依赖进口的历史,并对相关下游产业产生重要影响.

  • 标签: 自主知识产权 100t 项目进展 核苷酸 山东 产业化生产
  • 简介:摘要MicroRNA(miRNA)是一类小型非编码RNA,由大约22个核苷组成,在转录后水平发挥调控基因表达的功能。越来越多的研究发现,MiRNA在肝癌细胞增殖、分化、凋亡中起着重要作用,其特异性的表达,在肝癌的发生发展过程中扮演着重要的角色。目前学界公认的MicroRNA引起肿瘤发生的机制概括起来如下(1)RNA聚合酶负责的转录失调有可能是g肝癌肿瘤发生原因;(2)MicroRNA调控网络中相关SNPs改变导致成熟的MicroRNA合成障碍与表达失调;(3)MicroRNA合成通路的关键蛋白界常引起MicroRNA表达改变。因此本文拟对MiRNA单核苷多态性在肝细胞癌中的作用作一综述。

  • 标签: 核苷酸 肝癌 细胞增殖 多态性
  • 简介:目的研究显示核苷切除修复通路在去除吸烟引起的DNA损伤中发挥着重要的作用,旨在探讨核苷切除修复通路单核苷多态性与吸烟相关性肺癌易感性的关系。方法选取1010例肺癌患者和1011例正常对照。采用基于通路的候选基因选点策略,从核苷切除修复通路相关的8个核心基因中筛选出40个标签SNPs进行检测和分析。结果单个位点分析发现6个SNPs(ERCC12个,DDB22个,ERCC4/XPF1个,XPC1个)与肺癌的易感性相关。进一步采用Logistic回归模型,调整年龄、性别、吸烟史和肿瘤家族史后,仍有3个SNPs(ERCC1rs3212948,DDB2rs830083,ERCC4rs3136038)与肺癌易感性存在统计学关联。等位基因联合分析结果进一步表明肺癌的发病风险随着风险等位基因个数的增加而增加,尤其是ERCC1,ERCC2,ERCC3,ERCC5,XPA和XPC。结论本研究结果提示核苷切除修复通路基因多态性可能与中国汉族人群的肺癌个体易感性有关,值得进一步进行功能学探讨及大样本人群验证.

  • 标签: 核苷酸切除修复 肺癌易感性 基因多态性 通路 LOGISTIC回归模型 中国汉族人群
  • 简介:基因组单核苷多态性(SNP)是指不同个体间在基因水平上的单核苷变异,平均每1000对碱基出现一个SNP,两个无关个体间大约有300万个SNP。SNP可影响个体用药上的安全性和有效性。不同个体因SNP的不同,可能会造成对同一药物反应的差异。有时由于这种个体间遗传学上的差别,同一药物在不同个体内的效果和毒副作用的差异可以达到300倍之多。在SNP分析基础上的个体化用药可以指导患者安全和有效用药,减少医疗成本。

  • 标签: 单核苷酸多态性(SNP) 药物基因组学 个体化用药 基因水平 药物反应 遗传学上