日本的明治时期（1868—1912年），尤其是从1881年到1890年，由于日本的帝国议会的召开（1890年），佛教因明的研究开始活跃起来，因明被认为可以应用于议会和法院的讨论。，另外，许多研究都将因明与西方逻辑（演绎和归纳）进行了比较。治因明的学者中，云英晃耀（1831～1910年）、大西祝（1864—1900年）以及村上专精（1851-1929年）发挥了显著的作用。云英晃耀撰写了诸多介绍因明的书籍，积极地在日本各地对政治家和律师们演讲因明。他提议用西方的三段论重构因明，称之为“新新因明”。大西祝是基督教哲学家，撰写了《论理学》，包括了三个部分：形式逻辑、因明以及归纳逻辑。他想要基于对此三种逻辑的批判上创造一种“新逻辑”。村上专精是云英晃耀的学生，他将因明视为普通的学科，而非佛学研究。他对真理与因明的关系进行了研究。明治后期，因明从基于窥基《大疏》的传统的方法论转向了欧洲的基于印度和藏学文献《正理经》或《集量论》的文献考释学。
